失當。永曆君臣見調解無望，也調兵遣將，以廣東學道林佳鼎為兵部右侍郎總督軍務，夏四敷任監軍，會同從韶州調來的武靖伯李明忠帶領一萬多名士卒迎擊。雙方在廣東三水縣城西交戰，紹武政權的軍隊大敗，陳際泰臨陣脫逃。林佳鼎初戰告捷，躊躇滿志，命令士卒晝夜行軍，直奔廣州，企圖一舉掃滅紹武政權。
紹武方面的總兵林察利用與林佳鼎同族和過去共事關係，採取偽降誘兵深入之計，指使四姓海盜偽降。林佳鼎輕信寡謀，依約率部乘船前往三山，突然遭到四姓兵的攻擊。林佳鼎部所乘內河小船無法同四姓海上大船作戰，被迫登陸迎敵。又因地理不熟，陷入了三尺多深的泥淖，結果一敗塗地，林佳鼎和夏四敷溺死水中，李明忠單騎逃出，部下兵員幾乎全軍覆沒，紹武軍大獲全勝。
正當紹武、永曆二帝自相殘殺之時，由佟養甲、李成棟率領的清兵已奪取潮州、惠州。李成棟用繳獲的南明地方官印，派人向廣州的紹武君臣發出地方太平，清軍並未壓境的假訊息，使得廣州的紹武君臣根本不知道潮州、惠州已被清軍佔領。
隆武二年十二月十五日，紹武帝朱聿鐭幸武學，百官聚集，而此時，李成棟精選清兵300人，進入廣州城北花山，又派10餘人混入廣州城，內應脫去頭上的偽裝，露出辮子，揮刀大呼“大清軍隊到了”，並斬殺一人，廣州便滿城奔潰，緊接著，大隊清兵從東門衝入。
士兵向大學士蘇觀生報告清軍來襲，蘇觀生卻壓根不信，還以妄言惑眾把報信士兵處斬。轉眼之間，清軍登上城牆，隨即去掉偽裝，露出辮子，亂箭下射，城中頓時鼎沸起來。不久，清軍壓境的戰況得到證實，蘇觀生急令關閉城門，調兵作戰。
可是，紹武朝廷的精兵都被派往肇慶方面去對付永曆朝廷，一時調不回來，蘇觀生遂率領城內明軍與清兵激戰一晝夜，清兵本有撤退之意。但原崇禎朝督師袁崇煥的部將、福建總兵官謝尚政卻引清兵入城，廣州即陷落。
蘇觀生見大勢已去，寫下“大明忠臣義固當死”八個大字後，自縊死亡。紹武帝朱聿鐭見大勢已去，又無法回到行宮接回妻兒子女，只得拖了一條被子混在乞丐當中，打算爬城牆逃走，但被追騎趕上抓獲，囚於東察院。李成棟派人送來飲食，朱聿鐭拒絕，說：“我如果喝你的一勺子水，有什麼面目見先人於地下呢！”後自縊而殉國，結束其四十日的統治。
紹武朝的主要官員如何吾騶、王應華、顧元鏡等降清，而廣州內的二十四個明朝藩王則全數被殺。朱聿鐭死後，朱由榔成為南明唯一的皇帝。
當年往事歷歷在目，郭之奇原先就是隆武朝臣，因此對於隆武帝朱聿鐭按兄終弟及的皇位繼續制登位並無抵制，況當時永曆帝朱由榔自己放棄廣東全省出逃廣西，使得廣東全省權力出現真空，那麼留在廣東的明朝官員擁立新君繼續抗清可無厚非，最後紹武帝和蘇觀生也雙雙殉國，氣節方面也是毫無指摘之處的。若說有錯，也就是紹武朝廷不應該在大敵當前起釁內戰這事，但這件事和永曆帝當時的處置也有很大關係。
唐、桂之爭實在是複雜，牽涉帝系繼承更是敏感，郭之奇即便是大學士，即便深得永曆帝信任，但在這件事上也不敢發表自己的過多看法。
朱由榔惆悵了一陣，也不再提此事，問郭之奇：“唐王女兒現在何處？”
郭之奇道：“臣入城前將其安置於驛館之中。”
朱由榔皺了皺眉，又問道：“可有信物證明她的身份？”
“有唐王生前給其的幾件飾物證明。”
郭之奇說這話時心中也沒什麼底氣，畢竟單憑那公主自己所說，加上宮中幾件飾物實在是難以證明她就是唐王朱聿鐭的女兒。
果然，永曆帝朱由榔一聽就搖頭道：“單憑几件飾物無法證明，須得找