他一直率軍在南方，也多次擊敗南明劉文秀部，立下了不少戰功，但這“首告”的惡名卻始終影響著他，哪怕順治對他很是信重，提他為內大臣，滿州內部對他還是多少有些看不起。這一次蘇克薩哈不聲不響的就成了“次輔”，著實出乎了很多人意料，只是先帝遺詔已頒，更改不得，王公大臣們也只能預設。好在蘇克薩哈也是個聰明人，知道對自己不滿的人有很多，所以自任輔政大臣後，遇事多問索尼，索尼不決再呈太皇太后親斷，從不自作主張，也不擺輔政大臣的架子，這讓他多少淡化了一些不滿。
鰲拜位居第三，他自己並不介意，因為他知道這是主子生前對自己最好的安置，畢竟揚州大戰是由他指揮，這一仗卻葬送了三萬餘八旗子弟，嚇得主子倉促南逃。很多人論議說，主子之所以染上天花，就是因為當日倉皇北上途中染上風寒，導致身子骨虛弱，以致天花病邪侵入御體。
打了敗仗還因此害了主子，鰲拜心中滿是愧疚之情。受命帶領禁旅八旗開赴中原戰場時，他已是打定學漢人一樣馬革裹屍了，唯有那樣，才對得起主子的信任和知遇之恩。當初要不是主子，他早被多爾袞處死了，哪還有現在。
然而鰲拜自己對輔臣位序不介意，但有人介意，尤其是排在鰲拜上面的是蘇克薩哈那個小人，這就更加讓人不甘心了。這些人主要便是鰲拜在兩黃旗的舊部，還有一些從前親附鰲拜的大臣，甚至還有一些貝勒和貝子。在徐州抵禦太平軍的貝勒屯泰就很為鰲拜不值，要不是鰲拜派人勸阻於他，屯泰說不定都上摺子了。
敦拜在領軍入關之前，足足八年都呆在盛京。盛京將軍聽著是威風，但實際不過管轄關外的兩三萬從前下五旗沒有遷入關的牛錄，其中一半是老弱病殘，還有就是幾萬生熟女真。這些生熟女真部落很多，有飛牙喇，有索倫、有鄂溫克，有黃羊野人巴爾虎等，多的一兩千人，少的不過幾十上百人。關外的重鎮原先在太祖太宗時，有很多，如盛京，遼陽、鐵嶺等，現在不過兩座，一是盛京，另外就是寧古塔。
往大了說，敦拜是大清龍興之地的鎮守，往小了說，不過是滿州老家的看門狗。所以在出任盛京將軍的這八年，敦拜在朝中的影響力幾乎可以說沒有，甚至很多人都不記得這位曾經的弘文院大學士。如果不是因為大清在南方戰事接連大敗，入關的八旗將士損失太重，關外的這點牛錄根本不被滿州放在眼裡。現在，敦拜則成了關內八旗的大救星，他從關外帶來的兩萬多人不但幫助順治穩定了朝局，更成了一支被王公大臣們寄於厚望的生力軍。
敦拜帶來的兵馬，現在由寧古塔都統安珠瑚帶了七千披甲兵和新附滿州六千南下歸鰲拜指揮，餘下的六千披甲兵和四千漢軍與從直隸、山西等地駐防漢軍和綠營抽補過來的幾千人一起補充進了兩藍旗和兩紅旗，算是把已經被打殘的兩藍和兩紅的架子重新搭了起來。這兩萬人也是北。京城的最後一點力量，將他們全部投到河南，北。京就無一兵一卒。在不少滿州王公大臣內心深處，敦拜這兩萬人其實是他們退往關外的本錢，不到最後關頭，這兩萬人是絕對不能動的。
敦拜手握重兵，又是輔政大臣，所以雖然名列最後，但他對索尼和蘇克薩哈並不言聽計從，這就讓索尼和蘇克薩哈很是頭疼。還好，太皇太后一直壓著敦拜，支援索尼和蘇克薩哈，這讓敦拜也不敢太過放肆。
在辦理大行皇帝喪禮的間隙，索尼和蘇克薩哈抓緊時機，以新君名義發了一道聖旨，曉諭諸王貝勒、文武大臣，說是朝廷將“詳考太祖、太宗成憲，勒為典章”，並引用大行皇帝罪己詔中“不能仰法太祖、太宗，多所更張”的話，表示“今當率祖制，復舊章，以副先帝遺意”。
這道聖旨一發布，就在漢臣中引發了軒然大波。
大學士馮銓是最先知道這道旨意內容的，當時他