鎮有三個被定為甲級鎮，且新一軍和新二軍的駐地都在他江淮經略使的地盤，因此他得意洋洋，以為自己現在是兵強馬壯，可以一下指揮兩大主力。一眾老兄弟中，哪個也沒他這麼露臉。不想高興沒到兩天，軍部新的方案又出臺了，卻是取消了現有各軍團編制。
因為之前有過軍團一級的編制，現在新建軍一級編制，難免和軍團這一級職能重合，導致指揮系統混亂。所以周士相決定將現有各軍團編制一律裁撤，正式恢復大都督府這一洪武年間節制中外諸軍事的機構。
當日從廣州北伐時，周士相用的就是大都督的名義，只是卻沒有恢復大都督府，而是一直以齊王府和軍部來執行大都督府的功能。現在重新恢復大都督府，將齊王府和軍部的相關職司併入大都督府，也算是周士相對太平軍軍政體系的一次整合。
周士相本人出任大都督，下轄五軍都督，即中軍都督、前軍都督、後軍都督、左軍都督、右軍都督。
五位都督的人選分別是中軍都督鐵毅、前軍都督葛義、後軍都督蔣和、左軍都督邵九公、右軍都督趙四海。
五軍都督各自負責一塊區域，亦稱為戰區。周士相親自劃分了五大戰區，以數字為序，分別是第一至第五戰區。
其中第一戰區為江蘇、浙江、福建三省，由前軍都督葛義負責，下轄五大主力之首的新一軍、胡啟立的新四鎮、甘輝的新五鎮、耿仲德的新六鎮以及兩個暫字頭的乙級鎮。
第二戰區為安徽、江西二省，由後軍都督蔣和負責，下轄新四軍，張勇的新七鎮、李本深的新八鎮，德的新九鎮，及魏大龍（浙渾將領）的暫三鎮。
第三戰區為廣東、廣西、貴州三省，由左軍都督邵九公負責，下轄五大主力之一的新五軍，王興的新十鎮、張超的新十一鎮、黃四成的新十二鎮、塔新策的暫一鎮、譚詣的暫二鎮、猶三品的暫三鎮、黃元才的暫四鎮等。
第四戰區為湖南、河南二省。由右軍督趙四海負責，下轄郭登第的新十鎮，以原湘西剿軍四鎮改編的兩個乙級鎮、兩個丙級鎮。
第五戰區暫未劃定轄區，由中軍都督鐵毅負責，下轄新二軍和新三軍。
新二軍的駐地暫時在揚州，新三軍則在蘇州。兩者駐地都是在第一戰區內，不過卻不歸負責第一戰區的葛義指揮，原因是因為周士相只是將北上遼東的計劃暫時擱置，卻非就此放棄。等到朝堂和軍隊整頓完成後，周士相仍欲北上遼東，屆時新二軍和新三軍這兩支主力軍就是北上遼東的主力。
從防區職能上看，各戰區不但是負責轄區內的武裝力量，更要承擔相應的使命。
第一戰區和第二戰區都位於對清第一線，顯然，將來是要集中兩個戰區力量北進的。未來這兩個戰區的太平軍可能都要移駐北方。
第三戰區當下的任務則是收復雲南和為進軍川陝做準備，未來，第二戰區很可能承擔西北地區，甚至要肩負佔領藏區和哈密等地的任務。
第四戰區是五大戰區中唯一沒有主力軍的戰區，也是兵員最少的戰區。周士相給第四戰區的任務是著手“接管”湖北，配合第二戰區進軍中原。
單從編制和兵力上看，第三戰區無疑是兵員最多的一個戰區，甲級鎮一個，乙級鎮四個，丙級鎮八個。只是除了王有喜的新五軍外，其餘各鎮不是原先的地方治安部隊，就是新近收編的吳三桂部降軍，所以雖然兵員多達10萬，可戰鬥力卻在五大戰區中排在倒數第二。不過雲南方面的吳軍將領已經有意向太平軍投誠，四川境內又有慶陽王馮雙禮、督師連城壁等明軍力量在，相對明軍而言，四川吳軍力量可謂十分薄弱。
吳三桂任命的四川巡撫高民瞻基本已經放棄川東、川南等地，集中力量固守在保寧一線。因此第三戰區在相當一段時間內和第四戰區一樣