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“大悲案”最大的影響可能就是讓潞王的名聲變得更好，除此以外倒是沒有什麼。不過“假太子案”造成的影響卻很大，不僅真正動搖了弘光政權，時至今日，也有很多人認為當年被弘光處死的那個少年就是孝皇太子。
那個假太子是當時崇禎朝的鴻臚寺少卿高夢箕的奴僕穆虎從北方南下時，於途中遇到並結伴而行的。晚上就寢時穆虎發現少年內衣織有龍紋，驚問其身分，少年自稱是皇太子。
穆虎大吃一驚，便將此事告於主人高夢箕。高夢箕難辨真假，便將這少年送往蘇州、杭州一帶隱蔽。可是，這少年經常招搖於眾，露出貴倨的樣子，引起人們的注意，背後竊竊私議。高夢箕害怕這少年會牽連自己，不得已密奏朝廷。弘光帝得知之後，急忙派遣內官持御札宣召，命錦衣衛將這少年帶回看管。
隨後，弘光面諭群臣道：“有一稚子言是先帝東宮，若是真先帝之子即朕之子，當撫養優恤，不令失所。”隨令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往審視。大學士王鐸曾經擔任東宮教官三年，自然熟悉太子的模樣，結果一眼就看出是奸人假冒。
當時的南京城見過太子朱慈的並不止王鐸一個，曾任東宮講官的劉正宗、李景廉等人皆言太子眉長於目，所以見了偽太子後都不認識。弘光帝還不放心，特意又讓舊東宮伴讀太監丘執中往認。那偽太子見了丘執中，卻不識也，弘光這才相信這少年乃是假冒。
然而，即便是知道那少年不是真太子，可一直對弘光繼位不滿的東林黨人卻乘機興風作浪，散佈流言蜚語，在不明真相的百姓和外地文官武將中掀起了一片喧譁。弘光朝廷越說是假，遠近越疑其真。這事一直鬧到清軍佔領南京，弘光朝廷覆亡，方告平息。
此案的最大影響就是嚴重削弱了弘光帝的合法性，使得文武百姓對弘光離心，加上東林黨人散佈的大量有關弘光“昏庸”的流言，間接使得弘光政權迅速垮臺。有這前車之鑑在，周士相自然不能重蹈其覆。
東林黨現在雖然倒臺，大多數黨人都在清廷當了官，但他們的根基江南士紳階層卻在，而且正被周士相嚴厲打擊，故而突然間就有個自稱孝皇之子的王士元站出來，周士相不懷疑才有鬼了。
最終，周士相寫了一封密信給南都的兵部尚書張煌言，請他至鎮江辨認王士元身份真假。
張煌言知道此事後，心中也是震驚，連忙秘密趕到鎮江。在與王士元密談了足足半個時辰後，張煌言出來很肯定的告訴周士相，此人就是先帝五子朱慈煥。
有當年北京宮中老人辨認問詢，也有曾見過崇禎諸子官員的認可，再有張煌言的確認，王士元的身份在沒有周士相前世dna技術的幫助下，在這個時代已經確鑿。
周士相相信張煌言不會認錯，看走眼，因此他也相信了王士元就是朱慈煥。但他沒有就此上報定武帝，也請張煌言能夠不要將事情洩露出去。一方面，他還要繼續觀察王士元一段日子，確保萬無一失。另一方面，他也想看看這個王士元的背後，到底有沒有不可告人的一面。
張煌言猶豫之後，答應了周士相的請求。蒼水公也不想因為永王的出現，讓朝堂掀起一場軒然大波。
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王士元在鎮江雖然被嚴密監視，過著“軟禁”的日子，但各項供應都很豐盛，吃的用的儼然都是照親王待遇提供。只是幾個月來，除了一開始不斷有人過來和他見面，之後便再也沒人來看過他。至於那位外界流傳的屠韃如屠豬般的齊王殿下，更是自始至終都沒有露過面。
王士元心中有不安，也有點後悔，不應該主動承認自己是朱慈煥，他擔心自己會不會和當年那個“偽太子