到了1860年春，審度當時情勢後，曾國藩出於全面考慮，修改了計劃：以安慶為必奪目標，曾國荃主攻安慶，多隆阿主攻桐城，李續宜率軍在青草塥充當後備隊，接應諸軍。與此同時，清軍在英山、霍山一帶廣修碉壘，以防太平軍出奇兵突襲。
即使清軍一方計劃如此周密，如果李秀成、陳玉成任何一支軍隊攻逼武昌，失去大後方的清軍必定因陣營大亂而自安慶回軍。那樣一來，安慶之圍可不攻自解。正是陳、李二人縱武昌不攻，戰爭往來之中，太平軍一方逐漸由主動變為被動。
安慶重鎮的丟失
太平天國高層對安慶得失十分在意。不僅陳玉成急赴安慶，洪仁玕、林紹璋、黃文金等人都各自統軍來援。
湘軍方面當然早有心理和物質準備，曾國荃、楊載福、鮑超諸將率軍在集賢關、棋盤嶺、菱湖等地截堵太平軍援軍。
曾國荃在安慶周圍的部署很紮實，建造無數堅碉固堡，層層設防，目的就是使得安慶城內外太平軍不能相通。
如果太平軍裡應外合，清軍會陷入被人反包圍的窘境。
功夫不負有心人，由於太平軍外援進不來，清軍殊死進攻，赤崗嶺大據點終於為清軍攻克，四千多太平軍被殺，安慶城外喪失了一個重要屏障。
緊接著，菱湖北岸與南岸的太平軍營壘相繼失守。這樣一來，陳玉成的援軍失去憑依，更為被動，基本與安慶城內的太平軍隔絕往來。
氣惱之餘，陳玉成與洪仁玕合軍後，從桐城方向連營二十餘裡，分數路大軍進攻包圍安慶的清軍，均不克，無功而返。
不久，由於黃文金生力軍馳至，陳玉成又組織新的大規模進攻，不料湘軍勇猛異常，在外拒太平軍援軍的同時，向內對從安慶城衝出的太平軍守軍發動反擊，最終牢牢控制安慶戰場的主動權。
彈盡糧絕情況下，安慶終於1861年9月5日被清軍用地雷炸毀城牆後攻克。太平軍守將葉芸來與手下兩萬多將士皆在接陣中被殺。
可恨的是，湘軍陷安慶後，在城內大殺無辜百姓，把全城財物搶掠一空。
安慶之失，原因諸多，從大方面講，太平軍失誤如下：
其一，太平軍&ldo;二次西征&rdo;的戰略毫無新意，其實就是抄襲二破江南大營那次的&ldo;圍魏救趙&rdo;之法，即幾路軍合擊武昌，攻清軍空虛之地，基本謀略是想誘調安徽境內清軍出境回救武漢，以緩安慶之圍。對此，曾國藩一眼看穿這是太平軍仍&ldo;抄寫前文&rdo;之策。太平軍謀略之陳舊，使得清軍沉著應付。加上太平軍諸路在武昌未能果斷進攻，牽制和誘引安徽清軍的計劃完全落空。
其二，二破江南大營後，李秀成等人傾意東進，陳玉成部也在東線滯留，西線的湘軍從容進逼，進圍安慶，二次西征為時過晚，已經種下安慶之失的敗因。而且，李秀成固執己見，堅持從長江南岸進發，洪教主要他&ldo;掃北&rdo;，二人相拗，內部不諧。
其三，太平軍各自為政，各自為戰，在軍力佔極大優勢的情況下，沒有像樣的統一指揮，巨掌化為散指，輕舉妄動，率意出擊，散漫後退，而作為主力軍之一的李秀成部竟然在武昌兜繞一圈後揚長而去，完全置安慶於不顧。反觀湘軍，曾國藩一統指揮大權，江南江北清軍協調一致，步調一致，未雨綢繆，最終畢功於安慶。
其四，陳玉成等人心急，犯了速戰速決的冒失錯誤。此舉正讓安慶周圍清軍從容不迫地施行圍城打援戰略，一口一口吃掉太平軍來援之軍。假使陳玉成當時能冷靜下來，不恃氣，不憑威，在從外線憑優勢兵力對安慶等地圍城清軍採取大包圍的同時，率先進攻太湖一帶的胡林翼清軍（都是新募的沒經驗的新兵），繼攻桐城掛車河一帶清