明治政府的確這麼快就暫時屈服了。木戶孝允坐在大久保利通對面，10月的東京正是深秋，庭院裡面的楓葉通紅似火，飄落的楓葉在地面上覆蓋了厚厚的一層火紅。幾片楓葉飄落在庭院裡面的小水潭中，樹冠遮住了日光，幽暗的水面點綴著醒目的紅色葉片半沉半浮，有著一種令人陶醉的美麗。
木戶孝允卻沒有欣賞這些，他有點焦慮的說道：“在現在這種時候與中國恢復外交關係，會被認為是叛國的！”
“他們想這麼罵我們，那是他們的事情。現在的關鍵是我們自己能否下定決心。”大久保利通語氣頗為淡定的答道。不過想到現在日本國內的反對者，大久保利通忍不住冷笑起來，“呵呵，木戶，那些士族咒罵我們導致了北海道討伐戰失敗。可我現在倒是覺得討伐戰很成功麼。若是他們真的如他們所說的那般忠於天皇，士族們為何要抱怨死了幾萬人？他們應該誇稱自己在北海道殺了幾十萬逆賊的功勞才是。”
木戶孝允和這時代的武士一樣，也親手殺過人。他當志士時代被幕府追殺，曾不顧性命持續在京都地下活動。長州藩在戊辰戰爭中作風兇狠殺戮很重，木戶孝允也參與過制定戰爭計劃，親自下了不少命令。聽了大久保利通這冷酷的發言，木戶孝允也忍受不了了，他很不高興的說道：“大久保，你這麼說實在是太過分了！”
大久保利通並沒有因為木戶孝允的不高興而生氣，他從容的給自己倒了杯茶後才繼續說道：“木戶，這些人遲早都會造反的。他們反抗國家的時候只會被當作逆賊處死，現在讓他們的死是在為國捐軀，我是在成全他們的名聲。”
這次木戶孝允並沒有立刻反駁，大久保利通說的內容非常殘酷，卻是一針見血。明治政府成立之後，下達“藩治職令”（統一各藩官制，強化政府對藩的監督控制；不受門第和舊習限制，提拔人才；藩政與藩主的家政分離），接著又在木戶孝允和大久保利通一起推行“奉還版籍”；同時要求薩摩、長州、土佐、肥前四藩向朝廷貢獻兵力，設立御親兵；後又實施“廢藩置縣”。
這些政策的目的是要改造舊日本，推動工業化發展。在用新制度替代舊制度，就一定會遭到舊制度既得利益者的反對。廢藩置縣後，舊有的社會主流體系被徹底摧毀。新制度下面的所有官員都是透過國家控制的教育和考試體系層層選拔出來的。在這個方面，大久保利通等人完全照搬了中國的公務員制度。這個制度的威力很容易就顯露出來，相同的選拔標準，相同的公務員考試題目。大量支援中央集權的人員成為了公務員預備軍。
士族利益代表者西鄉隆盛等人搞出了“徵韓論”，經過御前會議討論之後遭到了天皇正式否定。西鄉等徵韓五參議憤然辭職，大批持士族立場的官員和近衛軍軍官也隨之辭職。支援中央集權的公務員們輕鬆接掌了明治政府的各級官職。
到了此時，雙方的矛盾已經接近不可調和的階段。討伐蝦夷共和國的軍事行動算是最後妥協的可能。在6月，發現戰局不利的大久保利通就要求士族軍隊暫時撤出北海道。士族軍隊拒絕了大久保利通的建議，繼續在北海道堅持作戰。等戰局到了無法挽回的時候，士族們就要求政府軍出動，來扭轉乾坤。
木戶孝允承受了極大的壓力，可他也沒辦法。蝦夷共和國的海軍中聚集了日本相當優秀的一批海軍指揮官，他們不求殲滅明治政府的海軍，而是極力拖住明治政府的海軍。政府軍已經無力援助。
士族軍隊被殲滅，雙方的矛盾再也沒有了緩和的可能。民間計程車族們強烈要求明治政府集體辭職，由士族們選出的政府成員組成新政府。明治政府根本不可能答應這種要求，木戶孝允也看透了這幫人背後隱藏的心思。
“大久保，你相信能夠說服中國不支援他們麼？”木戶孝允把話題轉回到最初