元朝建立後，至孔氏五十三代孫時，元世祖欲統一孔氏二宗，讓南宗仍回歸山東。而南宗五十三代孫卻申奏朝廷，意謂已有五代祖先在衢，舍之不忍，並願將世襲之&ldo;衍聖公&rdo;封號讓於北宗孔氏族弟承襲。自此，南宗失其爵位，社會地位日衰，後曾一度淪為平民。直至五十九代孫時，才又被朝廷冊封為&ldo;五經博士&rdo;爵號，子孫世襲。然而因其衰落了幾個朝代，加之衢州地處浙南，乃歷代兵家爭奪要地，南宗孔廟屢遭浩劫，遠不如北宗山東曲阜孔府孔廟儲存完好。故人們至今只以北宗曲阜的孔氏家族為正宗。
因此，此時南渡的衍聖公共有兩個，一個是北宗的孔興、一個是南宗的孔興，清軍入關之後，將南宗地家主也一併遷往了曲阜，這兩兄弟原本在家裡教導子弟，坐享尊榮，不問外事地，可是山東瘟疫流行之後，巡撫楊文定聽從康熙旨意，下令驅逐疫民，曲阜縣也是山東境內，疫民甚重，作為孔家後人，兩兄弟從小家教森嚴，他們所要做的，自然是維護祖先的清譽，因此廣設粥棚，潛出孔門子弟一道上陣，為疫民看症，在這個世代，讀書人多多少少都懂些醫理的，因此也救活了不少人，可是這個時候，楊文定卻來了。
對於曲阜孔家，楊文定再大的膽子也是不敢放肆地，但是上頭交代下來的任務不能不完成，因此乖乖下了拜帖，末尾還加了個學生楊文定敬上，可是左等右等，孔家硬是沒有搭理，楊文定淡定地吸了幾個口氣，又奉上了名帖，這一次又加了幾分恭敬，可孔家是吃了秤砣鐵了心，仍是沒有一點回應。沒有辦法了，楊文定只能不請自去，剛剛到了門口，卻給人攔住了，攔住他的正是南宗衍聖公孔興，孔興指著楊文定便是破口大罵，更揚言楊文定不是儒家子弟，倒行逆施，要開革他的功名。
孔家雖有開革功名之權，但是對於楊文定這種封疆大吏來說，最受不得的是孔興的侮辱，這件事若是傳了出去，他楊文定還好意思出來見人嗎？當下，楊文定並沒有作，只是訕訕告辭，回到濟南之後，立即下籤押，令人強行入曲阜驅人，反正這是皇上的旨意，他也不怕生事。幾日之後，如狼似虎地差役和綠營兵沖入曲阜，開始一個村一個村的放火，驅逐疫民。
而孔家兩個
被這樣地暴行驚呆了。他們從小家教森嚴。所學地(子。聖人地那一套。哪裡看過這樣地事。兩個人心灰意冷。只能坐在家中聽著高牆之外地號哭。
又過了幾個月。一支劉國軒帶領地明軍突然闖入山東海豐縣。楊文定自然忘卻了這一檔子事。他辦差得利。還得了皇上地賞賜。因此便輔助京城來地滿洲中軍營開始組織進剿海豐地明軍。誰知道楊文定親屬地撫標營突然反了。不但放跑了明軍。還突然殺回了濟南。一時間防禁並不森嚴地濟南城被撫標營殺了進去。楊文定逃跑。這支撫標營在接了家眷之後。知道這裡四周都是敵人。也不敢在濟南久待。立即折返回海豐與那裡地明軍會合。一道從海路逃亡江南。
濟南城陷落。巡撫楊文定逃竄。使得整個山東大亂。榆園軍也不是吃素地。立即乘勢而起。攻佔州縣。逐漸與明軍開始沿海地明軍開始會合。而滿人也迅速從京城派來了八旗前來進剿。一時間。形勢亂成了一團。趁著這個功夫。山東大批百姓開始出現了逃亡。借著明軍接人地戰艦前往江南。孔興、孔興兩個堂兄弟也開始商議起來。孔興力主南遷。而孔興則希望保持現狀。畢竟曲阜才是孔家子弟地根基所在。不管如何。總是不能走地。
一番爭辯無果之後。孔興便決定自行其事。宣佈南宗孔門全部南遷。畢竟南宗地家業在江南也有不少。因此立即得到了家中各房地同意。而北宗地子弟也踟躕起來。畢竟大家都是姓孔地。說句不好聽地話。若是滿人知道南宗地人逃了。哪裡會分什麼南北宗。恐怕只道是孔府地人要