朱駿知道，方以智之所以說出&l;一別經年，皇上已不是從前地那個的皇上&r;這句話並不是另有所指，早在十年前方以智便是永曆皇帝地擁護登基之一，之後才黯然拂去，如今的朱駿站在方以智面前，自然會說出皇上已不是從前的那個皇上地話來，只是這個皇上只是從前那個貪生怕死的永曆，如今在方以智面前是個脫胎換骨、歷經圖強地中興君王。
朱駿攜著方以智的手，在大批官員地羨慕之下登入衙堂，朱駿坐在上座，從人給方以智搬來錦墩，廣東的地方官員只能站在兩側，朱駿開口便問：&ldo;方先生的物理小識朕是研讀過地，受益良多，如今才知道先生高才，這一次特意請先生來，便是希望先生能夠入朝為官，為大明中興，為天下百姓做些事。&rdo;
《物理小識》全書共十二卷，分為十五類，依次為天類、歷類、風雷雨電類、地類、占候類、人身類、醫藥類、飲食類、衣服類、金石類、器用類、草木類、鳥獸類、鬼神方術類、異事類。從內容來看，它廣泛涉及天文、地理、物理、化學、生物、醫藥、農學、工藝、哲學、藝術等諸多方面。
《物理小識》的價值並不僅僅表現在它的實用性方面，也表現在它獨特科學見解。方以智在該書中提出的許多真知灼見。在天文學方面，《物理小識》繼承了中國傳統天文學的優秀成果，並且吸取了當時西方傳入地先進知識。例如該書認為&ldo;地體實圓，在天之中。……相傳地浮水上，天包水外，謬矣。地形如胡桃肉，凸山凹海。&rdo;
中國傳統上一直認為天圓地平。明末，傳教士來華，帶來了地圓學說，為一部分中國知識分子所接受，方以智是其中之一。他所說的&ldo;地形如胡桃肉，凸山凹海&rdo;一語
地說明瞭海也是地球地一部分，這有助於破除傳統的上&rdo;之說。
在物理學方面，《物理小識》更是多有可稱道之處，尤其表現在它所論及光學和聲學知識方面。《物理小識》對於光和聲的波動性的認識，遠較其前人為強。書中提出了被我們稱之為&ldo;氣光波動說&rdo;地樸素光波動學說，方以智並在此基礎上闡釋了他的&ldo;光肥影瘦&rdo;主張，認為光在傳播過程中，總要向幾何光學地陰影範圍內侵入，使有光區擴大，陰影區縮小。
他並據此批駁了傳教士有關太陽直徑將近有日地距離三分之一大的說法。這些，都是前無古人地學術貢獻。
另外，《物理小識》關於光的色散、反射和折射，關於聲音的生、傳播、反射、共鳴、隔音效應，關於比重、關於磁效應等諸多問題的記述和闡，都是極其出色的。
在醫藥生物諸方面，《物理小識》也有諸多貢獻。方以智在這些方面用力甚大，有關條目佔全書總條目的三分之一還要強。他會通中西，對人體生理、病理以及醫療、藥物等諸多方面均有較深入的研究。方以智重視吸收引進西方醫學知識，以彌補傳統醫學的不足。他在《物理小識》中介紹了大量西醫解剖學知識，而這正是傳統醫學的一個薄弱環節。他根據西方人體生理知識，提出&ldo;人之智愚系腦之清濁&rdo;，這是對傳統&ldo;心之官則思&rdo;說法的一個勇敢突破。方以智對傳統醫學也很精通，《物理小識》曾廣泛援引歷代醫家言論，取各家之長而加以綜合。在藥物學方面，《物理小識》不但現和改正了一些歷代本草書包括李時珍《本草綱目》中的錯誤和疏漏。
方以智接受西方科技知識，並非盲從，而是經過自己的認真思考、消化。例如他對於西方地圓說，就是先考察了地圓說賴以成立的觀測證據，然後才加以接受的。對於傳教士的錯誤說法，他則予以批駁。例如傳教士曾說，太陽半徑為地球半徑的1