爪哇的面積有十二萬平方公里，根據朱駿的旨意，在全面佔領爪哇島之後，正式將爪哇島併入大明，改名為定海省，成為大明版圖上的第十個省份，吏部已在雅歌達攻破之後立即派駐了布政使、按察使、都指揮使等官員立即上任主政，僉事、經歷、知事、照磨、檢校、司獄、都事、理問、庫使等從屬官員更是數以百計。
爪哇原本就被荷蘭人納入了殖民統治之下，因此布政使的人選也不必由當地土人擔任，對於這些原本就沒有任何政治權利的土人來說，荷蘭總督的統治與大明布政使的統治並沒有什麼區別，因此，當地土人對此並未表示出任何的熱情，也沒有做出任何的反對，只是麻木的看著總督府被人換上了布政司的匾額，看到原本手持著火槍在街上巡檢的荷蘭士兵變成了黑色輕甲，手持鋼弩、火銃的明兵。
新官上任，第一件要做的事便是清查府庫、人丁，維持本地的治安，治安倒也好說，當地的土人乖巧的很，除了一些盜竊、毆鬥之外並沒有什麼聳人聽聞的事鬧將出來，清點府庫也容易的很，幾個庫使帶著幾十個典吏，再帶上百來個明兵在倉庫內造冊登記了三天結果便出來了，其中白銀總計四百餘萬兩，黃金近兩萬兩，珍奇珠寶不計其數，價值也在一百萬兩白銀以上，另外還有一百七十萬枚銀幣另外登記造冊。
檢查戶口是最麻煩的，不過根據荷蘭人的一些記載來看，人口應在二十萬上下，其中歐洲僑民兩萬七千人，漢人九千人。剩餘的便是當地土著了。
另外，戰利品也有了統計結果，其中大型西洋戰艦共繳獲五艘，各種戰船二十餘艘，一些歐洲商人的商船有近兩百艘，火炮九百七十們。火藥不計其數，火銃五千七百門，彈丸不計其數。
根據朱駿下發地旨意，這些西洋戰艦統統交由東洋營水師營訓練作戰之用，這讓劉國軒激動了很久。連忙派人前往南洋水師營學習大型戰艦的航行作戰經驗，又親自帶著人登船接收，有了這些戰艦，東洋水師營正式拋離傳統的戰船足以成為遠洋艦隊了，雖然比起南洋水師營來實力尚缺，但也不再是依靠登船近戰為主的水師了。
繳獲的商船全部發賣給海都的海商，譬如海都最大地海商巨頭馬仁，如今他已經成為了南洋第一鉅商。下屬商船足有百條之多，這時聽說明軍又有折扣的商船發賣，早已憑藉著他與皇上有數面之緣的關係預訂了八十艘，他的船隊縱橫南洋各國。往來發賣四方的貨物，甚至一些小國地國主都要看他臉色行事。
海都城其他海商也不遑多讓，許多人自遷到海都之後，生意陡然擴大了數倍不止，原先行船時既會害怕海盜侵襲，又要接受各國港口的稅官索賄，一路上下來損耗巨大，可自從遷往海都之後，每次行船都有數十名明軍陪護，尋常小蟊賊並不放在眼裡。大的海盜看見船上的大明日月旗也不敢輕易劫持。否則過不了幾天，大明的艦隊便會抵達事發海域。並且在四周進行排查，直到找到這夥海盜的聚居點全部清除乾淨為止。而且船隊到了貿易的港口。該國的稅官也不敢勒索，南洋已有十之八九地國家向大明稱臣，海商們打著上國商賈的身份，船上還有個明軍伍長陪護，誰敢要錢？損耗少了，賺取的利潤自然也高了不少，貪婪的海商便會不斷地購買造船廠中的新船增強自己的運輸能力以此來賺取更多的利潤，這樣一來，擁有數十條海船的鉅商在海都並不稀奇，也吸引了更多的海商向海都搬遷，兩年的功夫，海都城已經成為了南洋海洋貿易的中樞，南洋商船巨萬，海都城的商船便佔去了一半。
清點完畢之後，爪哇島由敢死營指揮使王秋率五千陸軍，南洋水師營指揮使劉二鎮守，劉國軒所率的東洋水師營大小艦船百條開始將所有戰利品與俘虜裝船揚帆向海都駛去。
劉國軒在四天之後抵達海都港口時，立時受到了海都百姓地熱烈歡迎，群