鄭勛睿之所以對鄭家軍要進行大規模的建制改動，一個最為關鍵的因素，是淮安火器局生產的大量毛瑟槍、紅夷大炮、弗朗機裝備到了軍隊之中。
隨著火器的普及，騎兵營的作用明顯下降，無論是野外的戰鬥，還是攻城拔寨，火器都將發揮出來決定性的作用。從軍隊的開銷方面來，騎兵營的開銷是最大的，戰馬的消耗比軍士要大很多。
軍隊的建制，自秦朝以來，經歷了很多的變動。但萬變不離其宗。
鄭勛睿重考慮的是綜合性編制軍隊，還是專業性的編制軍隊。
所謂綜合性編制軍隊，就好比是幾百年之後的大軍區編制一樣，軍隊之中涵蓋了方方面面，陸海空一應俱全，所謂專業性編制軍隊。那就是明確騎兵營、炮兵營、神機營等等，相互之間可能有一定的交叉，但保持各自的重。
兩種編制軍隊的性質，各有各的好處。
鄭勛睿偏向於綜合性編制軍隊。
包括鄭錦宏、楊賀、劉澤清、洪欣濤、洪欣貴、洪欣瑜、王允成、鄭凱濤等鄭家軍的總兵和副總兵，也是贊成綜合性編制鄭家軍。
綜合性的編制鄭家軍，已經展現出來不一般的氣勢，嚴格起來，只有皇上和朝廷才有資格綜合性編制軍隊，且鄭家軍就是朝廷編制的軍隊之中的一部分。現如今鄭勛睿單獨將鄭家軍實行綜合性編制，表露出來的意味就不一樣了。
大明軍隊分為兩個系統，第一個是衛所制，這是沿襲幾百年的軍隊編制，另外一個就是衛所制度逐漸不適應形勢之後出現的總兵領兵制度。
鄭勛睿不打算突破這個制度，他計劃將兩種制度結合起來。
按照鄭家軍所處的地域，鄭勛睿將鄭家軍分為三塊，南直隸為第一塊。山東為第二塊，陝西為第三塊。分別以第一軍、第二軍和第三軍稱呼，在第一軍、第二軍和第三軍的基礎之上，設立旅一級的建制，以一萬人左右的軍士為一個旅，旅直轄營，每一營依舊是兩千人左右的編制。
如此鄭家軍就形成了以軍、旅、營為骨幹的編制。不過關於軍、旅、營的編制稱呼，僅限於鄭家軍內部，對外是不公開的，避免引發皇上和朝廷過度的猜忌。
第一軍、第二軍和第三軍都是混合型編制，包含有騎兵營、神機營、炮兵營、執法營、斥候營、騎兵營等等。第一軍有專門的女兵營，第二軍有專門的水師。
每一軍之中，單獨設立炮兵旅，突出炮兵的重要作用，第二軍之中單設水師旅。
南直隸的第一軍轄下四個旅，山東的第二軍下轄五個旅，陝西的第三軍轄下三個旅，每一旅由參將直接指揮，轄下五個到六個營，每一營由遊擊將軍直接指揮。
軍、旅、營都需要配備參謀官，由相應級別的軍官擔任，譬如軍一級的參謀官，必須由副總兵擔任，其作用相當於監軍，或者幾百年之後的政委。
軍官的配置方面，嚴格要求，不得突破，每一軍配備兩名副總兵，六名到十名參將，三十名到五十名遊擊將軍，遊擊將軍以下的軍官，按照原有的編制，不予變動。
鄭錦宏依舊為鄭家軍的總兵，統領整個的鄭家軍，名義上領導鄭家軍的調查署。
南直隸的第一軍，由劉澤清直接指揮，洪欣貴出任總參謀官，山東的第二軍，由楊賀直接指揮，王允成出任總參謀官，陝西的第三軍，由洪欣濤直接指揮，鄭凱濤出任總參謀官。
內心裡面，鄭勛睿還是很想徹底打破大明軍隊之建制，重新來進行編制的，不過目前的時機不是特別的成熟，再鄭家軍的將士，也不一定能夠接受幾百年之後的那些稱呼，而且在鄭勛睿的內心，還是有著濃厚的情節，那就是他率領的軍隊，將成為全世界的楷模，他所決定的軍隊的建制，逐漸完善之後，將成為全世界軍隊效仿的