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運軍奔波於河上，風雨兼程，倍嘗勞苦，境況可想而知。王命嶽的《漕弊疏》中說：“以臣所聞，弁丁有水次之苦，有過淮之苦，有抵通之苦。”
所謂“水次之苦”，一是“買幫陋習”。漕幫有高低貧富之別，“高者丁殷易完，低者丁窮必欠。當僉運時，富弁行賄買幫，費至二三百金。貧弁坐得低幫”。於是“貧弁處必欠之勢，而富弁甫僉運，已費二三百金”。二是“水次陋規”。衛丁承運時，有衛官幫官常例，每船二三兩不等，有糧道書辦常例，每船四五兩、**兩不等，至府廳書辦，各有常規，常規之外，又有令箭牌票差禮，只要漕院糧道令箭令牌一到，每船送五兩十兩不等。還有刑廳票差，每船一二兩不等。“其名目則或查官丁，或查糧艘，或查修舟，或查日報，或查開幫，或提頭識，名目數十，難以列舉。”間或有所謂“清廉上司”，不肯差人到幫，書吏也要巧立名色，止差人到糧道及刑廳處坐催，由刑廳差人代為斂費。這樣，“船未離次，已費五六十金”。三是“勒靳行月二糧”。按舊例由布政司派給運軍的行月錢糧，行文到各府縣支領。但每船要送書辦六七兩不等，否則派撥遠年難支錢糧及極遠州縣。州縣糧書還要需索每船二三兩不等。所以，運軍雖有“十金之糧，無五金之實”。以上三項，是運軍在漕船尚未離開水次時，受到的搜刮。
所謂“抵通之苦”，一是“投文之苦”。漕船經過長途航行，一旦抵達通州，需到倉院糧廳大部雲南司等衙門投文，每船須費十兩。因都由保家包送書辦，保家從中另索每船常例三兩。二是“胥役船規之苦”。坐糧廳總督倉院京糧廳雲南司書房等，各索常規每船可至十金。還有“走部代之聚斂，其不送者，則稟官出票，或查船遲，或取聯結，或押取保，或差催過堂，或押送起來，或先追舊欠，種種名色，一票必費十餘金”。三是“過壩之苦”。過壩時，有委官舊規，伍長常例，上斛下蕩等費，每船又須十餘兩，“而車戶恃強，剪頭偷盜，耗更不貲”。四是“交倉之苦”。交倉時，有倉官常例，還有“收糧衙門官辦書吏馬上馬下等等名色，極其需索，每船又費數十兩。又有大歇家小歇家需索，雖經奉旨題革，今又改名複用，小歇家改名僱長，大歇家改名住戶，藉口取保，每船索銀四五兩不等。有送者可得先收，無送者刁難阻凍”。五是“河兌之苦”。河兌法本來為了收交兩便，然而仍然發生踐踏、偷盜、混等、搶籌等種種難言之弊。以上五項，是運軍在漕船抵通時受到的搜刮。
所謂“過淮之苦”，指“積歇攤吏書陋規，投文過堂種種諸費”，每幫過淮漕費至五、六百金，或千金不等。這是運軍在漕糧運輸中受到的一部分蒐括。
王命嶽的這段文字，將運軍在運糧過程所受到的各種名目的勒索，基本上概括出來。真是“勢要官胥，視運軍為奇貨，誅求橫出，脧剝日深”。發生在整個運糧過程中的種種敲榨勒索，必然會影響漕運的順利進行，清政府曾不斷設法克服這些弊病，然而終清一世，未見奏效。
運軍是漕運的主力，所以運軍的待遇問題，是清朝廷十分重視的漕事要務。
運軍能得到屯田，作為衣食之資。實際上這是明代衛所屯田的繼續。清代規定，漕船旗丁十名，丁地五頃。漕船原額一萬零四百五十五艘，嘉慶時，實存六千二百四十二艘，常年承擔運糧任務的漕船大體在六千艘之上。每船裝載糧米五百石，總數能運三百餘萬石。用於運糧的衛所旗丁有六七萬名，分配給運軍的屯田約六百三十多萬畝。其中山東有六萬多畝，江蘇、安徽有四百二十五萬餘畝。但是，運丁“得田不能自耕，勢必召佃收租”。甚至“輾轉相售，屢易其主”。在乾隆二十五年（1760）漕督楊錫紱的奏疏中，已經出現了負債累累的“疲幫”。
運軍