與本&iddot;拉登曾是戰友
雖然簽署了和平協議,被稱做&ot;穆斯林自治區&ot;的南方菲律賓穆斯林政權並沒有真正推廣起來,1977年末,戰爭再次爆發
1986年隨著馬科斯政權的倒臺,運動領導人（現在已經修改了其政治目標,不再追求完全的菲律賓穆斯林自治）開始充分採用最為流行的政治形式,包括組織大規模遊行示威,組建政黨參與地方和全國大選運動領導人的這些做法使得許多普通的穆斯林開始真正支援這場運動
然而到了1991年,出現了一個激進的組織,該組織不同意摩洛民族解放陣線和政府達成的和平協議,這個組織從摩洛民族解放陣線中分裂出來,這就是阿布沙耶夫組織
有報導說阿布沙耶夫之所以從民族解放陣線中分裂出來,是因為它不接受非暴力的運動形式,而寧願接受暴力鬥爭作為其意識形態戰略阿布沙耶夫把摩洛民族解放陣線鬥爭形式的改變看做是對國家的讓步
這個組織的發起人阿布都拉加&iddot;傑加拉尼是阿富汗戰爭的一名老兵,在阿富汗戰場上,他和其他伊斯蘭激進組織像奧薩瑪&iddot;本&iddot;拉登等有著密切關係1988年,他在巴基斯坦的白沙瓦接受集訓,從事反對蘇聯佔領阿富汗的聖戰和其他菲律賓士兵一樣,他們直接接受阿富汗精神領袖阿布都爾&iddot;拉蘇爾&iddot;薩義夫的領導,與本&iddot;拉登並肩作戰他們學會了野外遊擊戰,自製炸彈,調動部隊,贏得了穆斯林朋友的尊重1990年,傑加拉尼把這些作戰戰術帶回了家鄉
傑加拉尼強烈反對菲律賓政府和摩洛民族解放陣線推進和平程序,主張建立一個獨立的穆斯林國家
暴力與金錢
1991年,該組織首次實施了恐怖活動,在這次進攻中,兩名外國婦女慘遭殺害1992年阿布沙耶夫武裝人員在贊邦加市的一個碼頭上投擲了兩枚炸彈,有數人受傷隨後在贊邦加機場和一些羅馬天主教教堂相繼發生了爆炸案1993年阿布沙耶夫組織炸毀了達沃市的一個教堂,有7人死亡
該組織一直把外國人作為綁架目標1993年,阿布沙耶夫組織綁架了61歲的美國語言學專家查爾斯&iddot;沃爾頓23天後沃爾頓獲釋第二年,該組織又分別綁架了3名西班牙修道士和1名西班牙牧師1998年兩名香港人、一名馬來西亞人和1名臺灣來的太太分別被綁架
1995年4月,該組織對一般公眾發動了攻擊,他們數次攻襲位於門達諾的基督教教徒居住的城鎮該組織掃蕩了城鎮的中心地區和廣場,殺死了53名平民和軍人
然而在1998年12月,傑加拉尼在巴錫蘭的一個村莊與警察交火中被擊斃傑加拉尼死後,該組織發生了一場權力鬥爭,其弟弟哈達菲&iddot;傑加拉尼最終成為該組織現在的領導人2000年4月,阿布沙耶夫組織犯下了他們的第一樁國際罪行,他們從馬來西亞旅遊勝地綁架了20名亞洲和非洲人作為人質後來,透過利比亞官員的調停,在賠付了2000萬比索後人質獲釋阿布沙耶夫組織利用這些贖金招募新成員,其組織從幾百人上升至1000人左右
金錢或許還有別的用途,儘管政府還在極力聲稱要消滅這個組織,仍有傳言說哈達菲&iddot;傑加拉尼與軍方和警方都有很密切的聯絡2000年6月,經過12小時的激戰,阿布沙耶夫武裝被坦克、直升機和3000名政府士兵困在了一幢醫院大樓裡然而,軍隊司令官卻命令部隊放棄包圍,遊擊隊成員悄無聲息的消失在了熱帶叢林中議會曾指控軍隊收受了賄賂,為阿布沙耶夫組織放開了一條生路,軍隊司令官對此矢口否認
本&iddot;拉登小舅子坐鎮馬尼拉