後世又分別稱其為總漕和總河，其中漕運總督設定較早。景泰二年（1451年），因漕運不繼，明政府任命副都御使王竑總督漕運，駐紮淮安，標誌著明廷設定漕運總督一職的開始。當時全稱為“總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道”，其主要職能除督促涉漕各省經運河輸送糧食至京師外，還有巡撫地方併兼管河道維護治理職能。成化七年（1471年）十月，鑑於河道淤塞，漕運時有受阻，需有專員統籌河務，朝廷便命刑部左侍郎王恕總理河道，駐紮山東濟寧，專門主持運河與黃河的治理維護，這是明代中央設定治河專官的開始，也是京杭運河事務管理中漕運、河道分開署理的標誌。不過，有明一代大部分時間裡，漕運總督和河道總督只是作為皇帝的代表外出督漕或治河，屬臨時差遣性質，並非固定官職。
清代對運河的管理進一步加強，漕運管理系統和河道治理系統職責上更加分明，制度上更加規範。順治初年，清廷設河道總督和漕運總督各一名，作為負責漕糧運輸和河道治理的最高行政長官，正式將漕運總督和河道總督納入官制，二者官秩均為正二品，兼兵部尚書或都察院右都御史銜者為從一品，與其他八大地方總督地位平等。
漕運總督漕運總督以下之設官有巡漕御使、督糧道、管糧同知等，所轄軍隊稱“漕標”。河道總督所屬機構，乾隆以後定為道、廳、汛三級，分段管理。屬官有河庫道、河道、管河同知、通判等，所轄軍隊稱為“河標”。但漕運總督和河道總督衙門內均不設屬官，只設書吏二十人，辦理衙門內一應文牘事宜。
清代漕運總督衙門仍駐淮安，管轄山東、河南、江蘇、安徽、江西、浙江、湖北、湖南八省漕政，具體負責漕運、檢選運弁、漕船修造、查驗回空、督催漕欠等事務。從漕糧收繳、起運，到漕船北上過淮、抵達通州，漕督都要親自稽核督查，運輸過程中出現的重要情況均需隨時向皇帝報告。康熙二十一年（1682年）規定，糧船過淮後，總漕應隨船北上，率所屬員弁視察運道情況，排程全漕。糧船過津後，總漕即入京覲見述職，而後回淮辦理下年之徵收起運諸事。
漕運總督－廢止
漕運總督－－資料由於涉及運河的分段治理，清代河道總督的設職情況要比漕運總督複雜得多。順治元年只設河道總督一人，掌管黃河、京杭大運河及永定河堤防、疏浚等事，治所在山東濟寧。隨著江南河工興舉日多、修守事務漸趨繁巨；康熙十六年（1677年），河道總督衙門不得不由濟寧遷至江蘇清江浦（淮安市）。這樣一來，河南武陟、中牟一帶堤工若有險情，駐紮淮安的河道總督往往鞭長莫及，清廷便於雍正二年（1724年）設立副總河一職，駐河南武陟，負責河南河務。
雍正七年（1729年）改總河為總督江南河道提督軍務（簡稱江南河道總督或南河總督），副總河為總督河南、山東河道提督軍務（簡稱河東河道總督或東河總督），分別管理南北兩大河段河道事務。遇有兩處共涉之事，兩位河督協商處置。雍正八年（1730年），清廷又設直隸河道水利總督，管轄海河水系各河及運河防治事務。至此，清代河道總督一分為三，而就河工任務及對漕運的影響來看，三總河中地位最關緊要的是南河總督。乾隆十四年（1749年），直隸河務漸趨正軌，北河總督一職遂被裁撤，其職能由直隸總督兼任。
有清一代，黃河奪淮已有四五百年的歷史，泥沙淤積導致的河患頻發，使運河治理面臨死結性難題，特別是南河黃淮運交匯處的清口一帶，河工任務特別艱鉅。這一局面使漕運總督與河道總督的社會角色發生了一些微妙變化。一是清廷對河道總督的重視遠勝明代，總河地位漸漸凌駕於總漕之上。明代總漕常常代理河務，總河一職時設時廢，清代總河一職從未空而不設，而且總河代理總漕事務