弗裡事實上也不是個瘋子，只是由於他的思想過於激進而被送進了瘋人院。出乎人意料的是，傑弗裡和詹姆斯成了好友，傑弗裡不僅相信詹姆斯所有的話，更是想辦法幫助詹姆斯逃出了瘋人院。隨後，詹姆斯被未來的科學家接了回去。第二次的時空旅行則比第一次要靠譜許多，詹姆斯終於來到了病毒爆發前的費城。根據詹姆斯的調查，他發現一個很重要的問題，他的好友傑弗裡彷彿就是病毒事件的元兇。因為傑弗裡是一個極端動物保護主義者，因此他對用動物做實驗的父親非常痛恨，因此他計劃綁架自己的父親並釋放所有的動物，而詹姆斯則懷疑這些動物就是導致瘟疫大爆發的元兇。可是隨著調查的深入，詹姆斯不得不承認一個事實，如果不是自己來到這個時空，那麼瘟疫的爆發反而有可能不發生。正是由於自己的阻止，導致整個歷史都錯亂了，而歷史為了修正發展而導致了瘟疫的出現。
傑德合上了劇本，目前看來劇本的問題不大，但是細節上會有些問題，這裡需要傑德去聯絡一些未來學家和相信時空旅行的物理學家及社會學家來修正下劇本的瑕疵。除此之外，對於未來世界的描寫將是整部電影的亮點所在。一般來說，在科幻電影裡，未來世界已經高度發達，但是在《十二猴子》裡，由於病毒的侵襲導致人類文明其實在1996年就土崩瓦解了。傑德忽然想起自己曾經看過的一部紀錄片，叫《人類消失後的世界》。在這部紀錄片裡，人類只是突然消失了，而地球將在人類消失後如何發展就呈現在這部紀錄片裡。這部紀錄片的設定和《十二猴子》有點相似。瘟疫大爆發的速度非常快，人類幾乎沒有任何反抗就被病毒征服。沒有彗星撞地球，也沒有超級火山大爆發，更沒有大地震大海嘯，人類就這樣束手就擒了。因此未來世界幾乎保留了人類文明的所有產物，只是再也沒有人呵護他們了。傑德將這個想法跟盧卡斯說了，希望工業光魔能建立起一整套未來城市的模板。
盧卡斯聽完傑德描述之後，也吸了一口冷氣，他不是沒有幻想過未來的世界，但是如傑德描述的這樣反而是他未曾想過的。盧卡斯腦海裡已經浮現出了一副紐約城變成大森林的畫面，雖然美麗但更具視覺衝擊力。沒有了人類的世界，無論世界多美麗，人類都是不好受的。“沒有問題，我會盡快出一批樣圖供你挑選。如果你確認好的話，我們就可以建模了。”
現在的盧卡斯越來越滿意自己作為特效導演的身份了，反而不再在乎那個導演名頭了。現在的工業光魔已經成了業內最好的特效公司，當然這也和傑德貢獻的“粒子特效”有重要的關係。現在工業光魔做出的特效幾乎可以以假亂真，而且按照傑德的建議，他們還在開發更好的綠幕技術，用傑德話說就是爭取未來拍電視劇都在攝影棚裡完成就好了。雖然盧卡斯對此嗤之以鼻，不過他也不得不承認正是由於綠幕技術的發展，現在的導演可以拍一些以前根本無法拍攝的鏡頭現在可以輕鬆實現，同時對於演員的危險也降低了許多。這一次傑德提出的未來世界描述，盧卡斯確定一旦公佈出去定然會征服整個世界。同時盧卡斯也不得不感嘆，作為一個導演，自己似乎正在被拋到後面了。
羅伯特考斯伯格也拿著自己選定的角色來找傑德了，當然他也聽說了傑德打算找一些專家來潤色劇本。不過考斯伯格倒是沒有在意傑德找專家的事情，導演有權對劇本的細節進行掌控，畢竟考斯伯格也不希望拍出一部漏洞百出的電影，但是他真沒有信心能讓傑德接受自己選擇的演員。考斯伯格選擇的男主角是布魯斯威利斯，銀幕硬漢來出演這個囚犯出身的男主角倒是蠻適合，性格簡單粗暴但又有些聰明；男二號傑弗裡的演員則是文藝男布拉德皮特。雖然皮特的氣質是最符合傑弗裡的演員，可是能不能演出那種略帶神經質的氣質就要看導演的執導功底了。唯一的短板便是女主角凱瑟琳的演員，是由