，根本不能視為中國傳統王朝，因此明初所修《元史》存在重大失誤，必須重修，將元朝視為遼、金、西夏等異族政權，而非大一統的中國傳統王朝。
為了佐證自己的觀點，廖瑞祥拿如今已是太平軍軍歌的《紅巾軍歌》舉例，歌中直言“手持鋼刀九十九，殺盡胡兒方罷手”，而明軍是紅巾軍的組成和繼承者，那麼顯然，在明軍眼中的蒙古人乃是胡兒，一個胡兒創立的王朝，卻被推翻他們的漢人王朝視為正統，並且還修史祭祀他們的帝王，這不是滑天下之大稽麼！
廖瑞祥認為這絕非太祖皇帝本意，因為太祖皇帝在賜高麗國書中直言“元非我類，入主中國百有餘年，天厭其昏淫，亦用殞絕其命。華夏潑亂十有八年，當群雄初起時，朕為淮右布衣，暴兵忽起。。。。北逐胡君，肅清華夏，復我中國之舊疆。”
又在賜日本國書中言：“上帝好生，惡不仁者。向我中國自趙宋失馭，北夷入而據之，播胡俗以腥羶，中土華風不竟。凡百有年，孰不與憤？”？
賜占城國書言：“曩者我中國為胡人竊據百年，遂使夷狄佈滿四方，廢我中國之彝倫。”
賜爪哇國書言：“中國正統，胡人竊據百有餘年，綱常既隳，冠履倒置，朕是以起兵討之。”
洪武年間頒行天下的振興文教詔書更是言稱：“自胡元入主中國，夷狄腥羶，汙染華夏，學校廢馳，人紀蕩然。加以兵亂以來，人習鬥爭，鮮知禮義。”？
在明軍大舉北伐時，太祖皇帝又在《諭中原檄》中稱“自古帝王臨御天下，皆中國居內以制夷狄，夷狄居外以奉中國，未聞以夷狄居中國而制天下也。”
廖列舉了很多洪武年間的詔書，向周士相證明太祖皇帝一直是將蒙元視為胡人，夷狄的。但為什麼明初還要修元史，承認元朝為中國正統王朝，祭祀從伏羲到忽必烈的16箇中國帝王，又祭祀包括木華黎、博爾忽、博爾術、赤佬溫等蒙古將領。
這個問題周士相也奇怪，堂堂正正推翻韃虜、恢復中華的大明朝，為何在立國之後反而會承認他們推翻的物件，將明興元亡視為正常的改朝換代，而不是一開始的種族反抗。
兩者結果是一樣，但本質卻完全不同，改朝換代相較漢民族因為百年壓迫而奮起反抗，性質上可是天地之別，是嚴重淡化了漢族所受的苦難，是美化異族侵略者。
廖瑞祥對此的理解，是文人的錯，儒教思想的錯。在他看來，主修《元史》的那幫文官，骨子裡和奮起反抗的明軍將領不一樣，他們對蒙元是親近的。在明朝討伐元軍的過程中，有大量漢人只尊元朝為正統，拒不承認明朝合法性。
如元朝戶部尚書張昶，被太祖皇帝軟禁之後就接受了明朝官職，可此人卻身在曹營心在漢，一直與元朝暗中勾結，後來事情敗露，太祖皇帝派人審問，張昶竟然不慌不忙的寫了八個大字：“身在江南，心思塞北”。
又如被朱元璋稱為“奇男子”的蒙元大將王保保，他帳下也有個名叫蔡子英的漢族官僚，此人對元朝忠心耿耿。蔡子英被明軍抓獲，然而卻誓死不降明朝，也不向朱元璋下跪，反而日夜大哭，思念元朝舊主。
便是如李善長、劉基、宋濂等開國文臣，對蒙元也都是持肯定而非否定。整個朝廷的文臣集團都是這個態度，太祖皇帝又能如何。只有承認了元朝的正統地位，明初那一大批曾經出仕元朝的官員才能洗清從前汙點，極度阿諛蒙元的儒家才能繼續在明朝售賣他們的思想，繼續過著人上人的好日子。
廖瑞祥認為蒙元對漢人百姓極其殘忍，但對漢人的讀書人卻極其優容寬待，這也是導致為何元末有那麼多漢人讀書人誓死為元朝效力的原因。這一點，和滿清入關之初極其相象，正因為清軍入關之初全盤收納明朝的官員，承認明朝計程車紳地位，這才迅速佔領大半個中國