那拉提的剩餘明軍守軍，然後回師八卦城。
儘管八卦城設計精巧，但是架不住帖木兒軍的五十門大炮的連續轟擊。兩天後，沙哈魯終於拿下了八卦城。
到了年底，沙哈魯陸續攻陷了明軍在伊犁河谷築造的一系列城堡、要隘，消滅了伊犁衛分散駐守的三營人馬，並俘虜了來不及撤退的六千戶屯墾的漢民。
與此同時，伊犁明軍也從最初的驚慌失措中冷靜下來。
在沙哈魯攻入伊犁河谷之前，各屯墾點種植的小麥等作物已經完成收穫，糧食大部分送到了蘋果城。
蘋果城現在除了兵力少一點，糧食再堅持一年都沒有問題。
傅安從百姓中緊急招募的四千多新兵，經過突擊訓練，擴編了八個營，已經可以協助明軍主力進行掘壕、巡邏和守城了。
蘋果城下游的富遠城也進行了進一步加固，傅安又調去三個新兵營，交由錫伯勇士朱大同統一指揮，防止帖木兒軍從伊犁河谷下游進犯。
沙哈魯為明軍修築的蘋果城本來就十分堅固，傅安接手之後，又讓人在外面掘了兩道壕溝，用以遲滯敵軍騎兵的衝鋒，再加上還有幾門牛逼哄哄的山炮助陣，伊犁城還是很穩當的。
一番操作下來，明軍迅速穩住了陣腳，還擊退了帖木兒軍的幾次試探性進攻。
防守南疆的明軍就沒有那麼幸運了。
由於路途太遠，等郭驥派天山衛指揮僉事張勇從庭州率領兩營人馬千里迢迢趕到龜茲的時候，帖木兒的二孫子馬黑麻已經帶領兩萬精兵和兩萬印度降兵，攜帶五十門駝炮，悄悄殺入南疆，迅速吃掉了駐守疏勒的一營明軍孤軍，並進逼龜茲城。
天山衛和龜茲衛留守兵馬合兵一處，不過一千三百多人。
好在明軍在龜茲留有三門舊迫擊炮，還設有一個小型兵工廠，也能鑄造刀劍，再加上臨時武裝起來的三千移民，總算拼湊起一支四千多人的隊伍。
到了建文三年，也就是洪武三十四年二月，張勇指揮明軍且戰且退，又在南疆重鎮鐵門關和馬黑麻周旋了兩個多月。
這時，明軍的彈藥基本被馬黑麻帶來的兩萬印度炮灰軍消耗得差不多了。馬黑麻突然拿出五十門駝炮，對明軍發起總攻，一舉攻破了鐵門關，將四千明軍屠殺殆盡，逃到焉耆避難的平民百姓除了工匠之外，也幾乎未能倖免。
馬黑麻拿下鐵門關後，明軍在南疆已經無險可守，吐魯番乃至迪化、哈密立即暴露在帖木兒大軍的威脅之下，陷落也只是個時間問題。
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