此外，聯邦調查局在“研究”了錢學森打算託運到中國的行李之後，認定內中有美國“軍事機密”檔案，所以錢學森又有“間諜”之嫌，即盜取美國的軍事機密，同樣“罪行嚴重”。
錢學森依然堅持否認他是美國共產黨員，否認他託運的行李中有任何美國軍事機密檔案。
“秀才遇上兵，有理說不清。”在聯邦調查局官員面前，錢學森屬於弱勢群體，辯白、抗議都無濟於事。
錢學森被帶上車，押走了。
對於錢學森的*，逐步升級：從最初的吊銷安全認可證到不準離開美國，又從海關扣查行李到下令逮捕。
關於錢學森被關進什麼監獄，流傳甚廣的“版本”是說被關進“惡魔島”監獄。“惡魔島”，Alcatraz Island，直譯應為“鵜鶘島”，是位於舊金山著名景點漁人碼頭不遠處的一座小島。1859年美軍在島上修築了碉堡，1907年成為軍事監獄，1934年這裡修建了聯邦監獄，關押過黑手黨頭目Al Capone等一百多名要犯，直至1963年監獄從這裡撤離。如今，這裡是金門國家公園，成為觀光景點。由於“惡魔島”監獄名聲在外，許多人就產生“合理聯想”，錢學森當年一定關押在這裡。
其實，錢學森被關在洛杉磯以南一個叫特米諾島（Terminal Island）的聯邦調查局的監獄裡。特米諾島，又稱“響尾蛇島”，是一個不起眼的小島。島上原本有一座廢棄了的石油探井架，井架附近有幾間簡易房。後來被聯邦調查局看中，擴建為監獄。
特米諾監獄跟“惡魔島”監獄一樣四周是海。選擇小島作為監獄，是便於與外界隔絕，防止犯人逃跑。特米諾監獄的牢房又暗又潮溼又擁擠。牢房裡常常響起西班牙語聲，因為這裡關押的大都是墨西哥的越境犯。許多貧窮的墨西哥人想到美國打工，於是偷越美墨邊境，被抓住了，就押往這個離美墨邊境不遠的監獄。
總算還好，考慮到錢學森是著名科學家，聯邦調查局沒有把他跟那些越境犯關押在一起，而是關進一間單人牢房，有單獨的衛浴裝置，生活條件還可以。夫人蔣英獲准每天可以前來探望。然而，如錢學森出獄後對一位記者所說：
我被禁止和任何人交談，夜裡，守衛每15分鐘就來亮一次燈，使我沒法好好休息，這樣的痛苦經歷使我在這麼短的時間裡瘦了30磅！
使錢學森一下子瘦了那麼多，還在於沉重的心理打擊。作為一位著名的教授，蒙受不白的牢獄之災，心靈遭到的煎熬，遠遠超過皮肉之苦。
四面八方的聲援
就在錢學森被從家裡帶走不久，帕薩迪納的電臺迅即報道了這一令人震驚的訊息。那時候，加州理工學院的教授們都有聽電臺新聞廣播的習慣（錢學森本人即便是在回中國之後也是幾十年如一日聽電臺新聞廣播）。透過無線電波，這近乎爆炸性的新聞在加州理工學院不脛而走。教授們、學生們難以置信，溫文儒雅的錢學森博士怎麼會是“間諜”？當晚，很多朋友趕往錢宅，安慰同樣溫文儒雅的錢學森夫人蔣英。
翌日，錢學森被捕的訊息在報紙上披露，在洛杉磯、在加利福尼亞州、在美國各地，引起驚愕，引起憤懣。
加州理工學院院長杜布里奇為營救錢學森，竭盡心力。他緊急致電正在歐洲訪問的錢學森的導師馮·卡門。馮·卡門大吃一驚，當即中斷訪問，提前趕回美國。
杜布里奇還緊急致函那位在華盛頓的美國海軍副部長丹尼爾·金貝爾先生，信中非常明確地否定了關於錢學森是共產黨員的指控：
他們懷疑錢與共產黨有關，所有的疑點我都可以解釋，因為我覺得毫無證據足以證明他是共產黨員。他雖然同那些被認為是共產黨員的人做朋友，但那是公開的來