運河。會通河地處魯中山地，南旺號稱“水脊”，地勢高聳，水源缺乏。明代在戴村築壩，導汶南旺，分水濟運，以解決水源問題，又置水櫃陡（牛）門，以調節水源，節制水流，才保證了會通河的順利通航。但到了清代，水源諸泉多被填塞，會通河淤淺，安山、南旺、馬踏、徽山等湖，逐漸淤澱，或被豪戶侵佔，闢田耕種，以致湖水日少，加以民田灌溉與漕運爭奪用水，更影響蓄水濟運。清代治理惠通河，除遵循明代舊例，修築戴村壩，疏浚河道，培護堤岸，引水蓄湖，嚴閘啟閉外，採取瞭如下措施：①申飭地方疏通泉源；②樹立湖塘封界，禁止侵佔；③將山東諸湖開浚築堤，或增高培厚原有堤岸，蓄積湖水；④嚴禁百姓截流灌溉，違者治罪嚴懲。經康、雍、乾三朝連續治理，會通河百餘年暢通無阻。
裡運河治理更為艱鉅。裡運河北端的淮安與清口，為黃、淮、運交匯之處，上有洪澤湖，下有寶應、高郵、邵伯諸湖，南通長江，東連大海，河道縱橫交錯，地形和水系都很複雜。黃河氾濫，運河必壞。明末清初，河工年久失修，黃河年年氾濫，決口頻繁，以致改道，奪淮入江，河水逆入清口，倒灌洪澤湖，合淮水併力東衝運堤。而江北里運河一線，黃、淮、湖、運聯成一片，變為澤國，以致運堤崩潰，漕運阻塞。從順治初年至康熙十五年（1676），治河修運，均乏成效。自康熙十六年，靳輔擔任河道總督，在《河道敝壞已極疏》中，提出“將河道運道一體，徹首尾而合治之”，籌審治河全域性，制定了大修黃、運兩河方案。在黃、淮、運三條河干上同時興工，大規模治河修運。在整治黃、淮河同時，清除山陽、清河、寶應、高郵、江都五州縣運河河道淤淺，一律開挖深通，修築河岸堤工，堵塞運堤決口三十四處，修建閘壩二十六座及涵洞五十四座，築成清水潭決口東、西堤各一道，開繞西越河即永安河一道。此外，又開爛泥淺引河二道：一自新莊閘西南至太平壩，一自文華寺永濟河頭，南經七里閘轉而西南也至太平壩，並把南運口移至七里閘，兩渠並行，互為月河，俱達爛泥淺，分水十之二佐運，十之八射黃刷沙。以上各項，三年中次第告竣。二十二年，黃、淮兩河盡復故道。裡運河各項大工完成。於是，運艘及商民船隻往來通行，安全無險。
康熙二十五年至二十七年初，以黃河風濤險惡，漕運不便，於宿遷、桃源、清河三縣黃河北岸遙、縷二堤內，挑開三百里中河一道，再改由仲家莊出口，並建雙金閘一座。漕船一出清口，即可截流徑渡北岸，由仲家莊運口進入中河（又稱中運河），歷皂河、泇河北上。自此，中河代替了明代以來的“河漕”，使黃、運分離，避免了黃河一百八十里風濤之險。後來，新任河督于成龍因中河逼近黃河堤岸，不便築堤，又自桃源盛家道口至清河，棄中河下段，改鑿六十里新河一道，是為新中河。康熙晚期，河督張鵬翮以新中河河頭彎曲窄淺，漕船行駛不順，故截用舊中河上段和新中河下段合為一河，重新疏浚，仍名中河，並移中河運口於張家莊。至是，中運河才告最後完成。
乾隆晚期，河工日漸松馳。黃河多次決口，淤塞運道，清廷不及時修復，而開始借黃濟運，勉強維持漕運。嘉慶時期，河患日深，幾乎無歲不決，運道淤塞嚴重。道光初年，大運河已處處淤塞難通，幾乎僅存一線河形而已。至咸豐五年（1855），黃河在河南銅瓦廂決口，改道北徙，穿運挾汶而東，經東阿、歷城，由山東利津入海。大運河長江以北運道，大部被黃河淤塞沖毀，京杭運道斷絕。
古時運河上的貨運，主要是漕運和鹽運，而漕運是中國古代特有的歷史現象。自元代開浚會通河，江南漕船經山東運河可直達通州算起，至清末宣佈廢棄漕運為止，元明清三代相繼推行漕運制度綿延600多年，而京杭大運河在歷代漕運中發揮了難以估量的巨大作用。