儘管富蘭克林和亞當斯、傑斐遜同為最早、也是最堅決地主張殖民地與英國決裂的會議代表，可是在獨立的問題上，賓夕法尼亞卻掉在後面了。已經分裂的賓州代表們受到保守的州議會的約束，而州議會正在州政廳另外一個房間開會。作為大陸會議的會址，費城有可能成為獨立後國家的首都。因此，大陸會議決定干預該州的內亂。5月，會議透過決議，敦促尚無稱職政府的各州加緊組建這樣的政府。賓夕法尼亞人民在州政廳院子裡召開群眾大會，要求廢棄英王授予的舊憲章，制訂新憲法，建立新的立法機構。6月14日，賓州議會開會。4天后，一個各縣委員會代表會議解散了舊議會，呼籲在7月召開憲法會議。
在這場變革各州州政的暴風雨中，威廉·富蘭克林作為殖民地時期英王委派的紐澤西州長，受到了衝擊。革命群眾將他押往他在伯林頓的莊園，看管起來了。5月24日，大陸會議決定將他遣送到康涅狄格。儘管由於他父親的緣故，威廉·富蘭克林可能受到一些寬大，但他畢竟是效忠派分子。在康涅狄格，無論是在假釋期間還是確實監禁在裡奇菲爾德監獄，他做了兩年多的階下囚。
6月10日，大陸會議委派一個委員會起草一份宣言。這份宣言可能向全世界公佈。委員會包括傑斐遜、亞當斯、富蘭克林、康涅狄格的羅傑·謝爾曼和紐約的羅伯特·R·李溫斯頓。這5人碰頭後，推選傑斐遜草擬初稿。初稿完成後，傑斐遜將它拿給富蘭克林和亞當斯過目，也許不止一次。6月28日，該委員會將宣言草稿提交大陸會議。7月4日，經大陸會議修改過的宣言被透過了。8日中午，會議向群集在州政廳外的費城群眾宣讀了宣言。10日，宣言在《賓夕法尼亞雜誌》上發表，人們稱之為《獨立宣言》。8月2日，會議代表簽署了《獨立宣言》。
富蘭克林和亞當斯一樣，只對宣言的初稿作了少許改動。對傑斐遜指控英王批准議會法案“以剝奪我們的憲章，從根本上改變我們政府的形式”，富蘭克林在兩句之間插上了一句“廢除我們大多數有價值的法律”，因為他記起了當年賓州議會透過的許多法案都遭到英國議會否決；對傑斐遜寫到的北美洲殖民地的請願書被“答以一次又一次的傷害”，富蘭克林將其改為“僅僅答以一次又一次的傷害”以加重語氣；對於傑斐遜指控英國政府派遣外國僱傭軍來企圖“將我們淹沒在血泊中”，富蘭克林將它改為不那麼誇張的“消滅我們”。但最後這一處被大陸會議刪去了，以避免傷及英國人民。
和《獨立宣言》的起草、修改和發表這樣莊嚴、重大的事件相聯絡的還有這麼一段趣聞。就在大陸會議修改《獨立宣言》草案期間，傑斐遜後來回憶說：“我坐在富蘭克林博士身旁，他覺察出我對這些改動不無想法，便說，‘我訂了個規矩，不論何時，只要我做得到，我總避免起草將要由一個公共團體審查的檔案。我這個教訓是從這麼一件事得來的，讓我講給你聽。當我還在給一個印刷商幫工時，我的一個夥伴是個帽商的學徒，他在學徒期滿後準備自己開店。他首先關心的有一塊措辭恰當的漂亮招牌。他編了這樣的話：“約翰·湯普森，帽商，製作並現錢出售帽子”，還畫有一頂帽子。但他想到該讓朋友們對它作些修改。第一個朋友認為既然後面有“製造帽子”的字樣，前面的兩字“帽商”便是累贅，應該刪去。那兩個字擦去了。下一位朋友認為那“製作”二字不如略去，因為顧客不會在意帽子是誰製作的，只要合他們的意，他們就買。他把那兩個字又擦去了。第三位朋友說，他認為“現金”兩字是多餘的，因為當地沒有賒帳的傳統，每個買東西的人都會付錢的。它們又被擦去了。招牌上的字現在剩下了：“約翰·湯普森出售帽子”。“·出·售帽子？”下一位朋友說，“為什麼？沒有人會以為你會送給他們。那這兩個字有什麼用？”它們又被