而且菲律賓政府在最近幾年認為,儘管阿布沙耶夫組織在歷史上與本&iddot;拉登有著聯絡,但是,這種聯絡已經成為過去,沒有證據表明這些國際恐怖組織還在菲律賓繼續工作只是在911事件後,菲律賓政府才又公開承認說,襲擊美國的頭號嫌疑犯本&iddot;拉登仍在支援菲南部的恐怖組織阿布沙耶夫,為其提供武器、訓練人員和其他後勤支援
是土匪還是愛國者?
如今,阿布沙耶夫組織及菲律賓其他恐怖組織已經演變成為一個資金自足,相對獨立的犯罪團夥恐怖專家指出,這些組織和本&iddot;拉登恐怖組織在路線方法及行為動機上已經截然不同他們帶著太陽鏡,穿著牛仔褲,已經不再穿阿拉伯長袍了菲律賓官方把阿布沙耶夫組織描述成為一個綁架、勒索,求取贖金的土匪組織,已經不再是傳統意義上的像本&iddot;拉登那樣夢想著建立一個泛穆斯林國家的愛國者
&ot;阿布沙耶夫組織綁架人質,勒索金錢,這已經不是國際恐怖分子所為的事情了,&ot;菲律賓國防秘書安格魯&iddot;雷耶斯說,&ot;你聽說過本&iddot;拉登揚言要炸掉某個地方,藉機再向美國索要3000萬美金的事情嗎?&ot;政府:區別對待叛軍,謀求實現和平
1996年,菲律賓政府同反政府武裝摩洛民族解放陣線（摩解）簽署了棉蘭老地區問題的和平協議,但由於摩洛伊斯蘭解放陣線不承認這一協議,主張在棉蘭老地區建立獨立的國家,棉蘭老地區的局勢仍不穩定,摩伊同政府軍間的武裝衝突時有發生
幾年來,菲政府同摩伊的談判時停時續1997年1月,菲政府與摩伊曾達成全面停火協議,但未能就正式和談的立場和時間表達成一致去年1月,菲政府與摩伊在南部門達諾省恢復曾一度中斷的正式談判但由於雙方分歧依舊,和談未能取得進展此次談判失敗後,政府軍與摩伊在棉蘭老地區多次發生大規模激戰
菲律賓新總統阿羅約夫人上臺以來,為瞭解決目前國內的危機採取了一系列措施,一方面同摩洛民族解放陣線展開談判;同時,對頑固不化的阿布沙耶夫伊斯蘭分離勢力採取強硬措施
2001年3月29日,菲律賓政府同摩洛民族解放陣線的代表在馬來西亞達成了停火協議,重新向平民開放摩洛民族解放陣線營地,使之不再成為練兵的操場正式和平談判將在本月內進行政府同意給予地區最大限度的自治,但不是獨立,同時研究是否實行伊斯蘭教義沙裡亞
2001年6月22日,菲政府與摩伊在利比亞首都的黎波里恢復和談,雙方簽署了一份和平協議協議還規定,伊斯蘭會議組織將成立一個由利比亞、印度尼西亞和馬來西亞組成的後續委員會,共同監督停火協議的執行
此前菲政府與摩解也達成一項和平協議輿論認為,同最主要的反政府武裝摩伊和摩解達成和解,便於菲政府集中力量打擊殘存的阿布沙耶夫恐怖武裝
菲律賓基韋多總主教發表評論說:&ot;在重新向平民開放摩洛民族解放陣線營地問題上存在誤解面積達一萬公頃的阿布巴卡營地內包括了早在摩洛民族解放陣線到來之前就已經存在的村落和人家&ot;而所謂兵營指的是遊擊隊員操練的場所,是摩洛民族解放陣線的大本營,而這只不過是整個面積中的一小部分而已&ot;我相信阿羅約總統的意思是正確計程車兵們在進人阿布巴卡者地時要明確他們經過的是住滿了逃離戰爭的平民百姓的村莊&ot;總主教介紹說,營地的居民和摩洛民族解放陣線的領導人有權進人他們的村莊,&ot;但是,讓摩洛民族解放陣線的武裝部隊進人營地是不正確的&ot;
政府在同摩洛民族解放陣線積極展開談判的同時,對寄居在棉蘭老島南部的阿布沙耶夫伊斯蘭