兼施，以撫為主”，剿也是為了撫。故而亂軍一時間紛紛接受招安，吃飽喝足之後卻又再次殺官造反。諸如張獻忠這類巨盜，都是反覆詐降，在投降中保留實力，擴充武備，然後以更強大的姿態造反。
當時崇禎自己說“賊亦我赤子”，贊同楊鶴的主張。
結果嘛，如今已經看得很清楚了。
——那些賊兵就和鼠疫一樣。
崇禎帝心中一警，咬牙道：“一時婦人之仁，卻得百世遺恨。朕不取也！”
沒人知道崇禎在內心中將流賊與鼠疫聯想起來，都覺得這話中殺氣騰騰，皆是噤口不言。
“父皇陛下，”朱慈烺上前應道：“為君父分憂乃是為人臣子的當盡之責，兒臣願意再戰鼠疫，起碼可以恢復到六月間的模樣。”
“真乃朕之長子！”崇禎輕輕拍著扶手：“先生們怎麼說？”
“臣等以為國本不當親身犯險……”
閣輔們還能怎麼說？難道讓他們鼓掌叫好，萬一太子有個三長兩短，舉家陪葬？
“陛下，之前的明旨乃是命兒臣撫軍防疫，如今鼠疫未盡，兒臣自當繼續辦事。”朱慈烺看也不看那些宰輔，抬出了之前收到的明旨。他轉而又道：“不過如今這一鬆緩，要想防疫恐怕越發艱難，兒臣請掌太醫院、火藥局，擴建城外的檢疫營與隔離營，增加化人場。”
“可。”崇禎說完，突然覺得好像有些什麼奇怪的東西混進去了，梳理一遍方才發現兒子提出了一個陌生的局——火器局。
“火器局只會造火藥，與鼠疫何干？”崇禎問道。
“陛下，對於牆壁、地面、糞池、汙水溝等處，需要大量的石灰用以消毒——消鼠疫菌之毒。要大量開採石灰礦，就需要用到大量火藥。”朱慈烺解釋道。
崇禎雖然不知道要怎麼開礦，但用火藥開礦早在萬曆時候就有了，並不算什麼新奇事。他道：“既然如此，一應事權交給你也無妨。只是火藥威力巨大，時常生災，你可要小心，萬萬不可去安民廠。”
崇禎帝交代完，還是有些不放心。
火藥局屬於兵仗局下轄，只是內監二十四局的下級單位，設有廠監，每五日給三大營發放五千斤黑火藥。朱慈烺從賬面報表上看，國家火藥局的生產能力在一天兩千斤到三千斤之間，但實際上能有多少就不知道了。
這些多出來的火藥就會裝入陶罐，然後封存起來。因為密封不夠好的緣故，時間久了火藥就會受潮凝成塊狀。萬曆三十三年九月，三大營官軍在盔甲廠關領火藥。監放火藥的宦官臧朝、王才因壇內舊火藥已結成硬塊，不便分發，就命令工匠用鐵斧劈開。
鐵斧劈砍火藥凝塊產生了火星，造成巨大爆炸，燒死宦官臧朝及把總傅鍾等十員、軍人李仲保等八十三名。其局內工匠人等並街市經過居民死傷者多不可稽，焚燬作坊五連，約三十餘間，火藥火器無算。
後來王恭廠作為國家火藥庫，設在京城西南，在天啟六年五月發生了大爆炸。這次大爆炸成為了百世之謎，後人還有說是外星人的戰術核彈。總之，那次大爆炸的影響範圍東到阜成門，北至刑部街，亙四里，闊十三里，直接傷亡人數約過兩萬。這次大爆炸與京師大地震牽連，受難人數更是以百萬計。
當時爆炸產生的地震將乾清宮的御案都掀翻了，天啟帝的皇三子只有兩三歲，也因此受驚夭折，失去了最後一個繼承人。
王恭廠大爆炸之後，天啟帝在安民廠設立新廠。
到了崇禎七年，王恭廠舊廠又發生爆炸。崇禎十一年，新廠安民廠一年之內發生三次爆炸事故，出現了蘑菇雲，時人謂之“靈芝雲”，死傷民眾過萬。
當時也是因為崇禎帝想重建內操，武裝太監，結果練內操那幾年幾乎每年都有火藥廠事故