任命國家官吏、給僧侶封號等，天皇唯一的職能，就是決定年號。
宮廷高階官吏的任命，天皇、公卿的服飾冠帶，天皇的出外視察、旅遊等等一律要請示幕府批准後，方可施行。天皇的命令，要是得不到幕府的批准，必須作廢。甚至，連娶老婆生孩子這樣的私事，幕府都要過問。
同時，德川幕府在京都設定“所司代”，其名義是保護朝廷，實際上是對天皇進行嚴格的，全天候的監視。幕府又在公卿中安插所謂的“武家傳奏”，其實就是隨時向幕府報告朝廷動向的聯絡員，使幕府對天皇朝廷的一舉一動都瞭如指掌。
德川家族雖然嚴格限制天皇的權力，卻又極力拉攏皇室。這種手段，不過是藤原氏和歷代將軍的故伎重演，即以聯姻來控制皇室。公元德川秀忠把女兒和子送進宮中，做後水尾天皇的皇后，與天皇生有二男三女。德川幕府只容許和子生的子女繼承皇位，其他妃子生的子女往往被其殺害。
公元發生皇后與天皇爭執的“紫衣事件”。後水尾天皇任命幾十名僧侶為僧正，並敕許以紫衣——這本是天皇的特權。但是，幕府以不符合規定為由，取消天皇的敕許，並將對此不滿的僧人逮捕、流放。後水尾天皇深感羞辱，打算退位以示對幕府的不滿。
公元幕府將軍德川家光的一個奶孃，名叫春日局（看過日本電視劇《大奧》的，應該知道這個女人）來到京都，竟然提出會見天皇的要求。後水尾天皇覺得這種無視身份的要求簡直是無理之至，可是懾於幕府的權勢力，只得接見。過後，後水尾天皇越想越生氣，便甩掉紗帽，憤而退位。
但也有的人認為，後水尾天皇退位另有隱情。有人研究歷史後發現，後水尾天皇喜歡拈花惹草，他不但把ji女召進皇宮，還私服出遊，在花街柳巷流連忘返，以致得了性病。為了治療難言之隱，才不得不退位。
無論是處於什麼原因，總之，後水尾天皇，最終是退位了。在德川幕府安排下，後水尾天皇七歲的女兒興子繼位，即明正女皇。這是自稱德女皇之後九百多年突然出現的第一個女皇。明正女皇是德川秀忠的外孫女，德川家族便把朝廷視為自己的菊花。
“老爺，這個日本天皇，可是女的哦。”
沈凌菲撫摸著張準胯下的小傢伙，不懷好意的說道。
“女的天皇？哦”
張準激烈運動過後，只想睡覺。可是，沈凌菲的手，讓他睡不著。她的手段未免太厲害了一些，指甲偶爾的刺激，的確是有點強烈了。對於沈凌菲的說話，他是有一搭沒一搭的回應著。其實，一點都不往心裡去。
“哎，老爺，我跟你說，日本的天皇，是女的”
沈凌菲看到張準沒反應，輕輕的用力一掐，然後不滿的說道。
“啊你輕點”
張準頓時有了反應，痛得大叫起來。
“看你不理我”
沈凌菲得意洋洋的說道。
她伸出手去，將疲勞過度的小傢伙撫摸一陣，算是打臉以後的安慰。為了表示自己的歉意，她還俯下身去，將小傢伙含在嘴裡，舌頭打轉，細細的舔著，讓張準舒坦無比。
張準後知後覺的說道：“你說什麼？日本天皇？女的？”
沈凌菲嬌嗔說道：“嗯，是女的，年紀和小影差不多，你要不要那啥。就算現在不要，過幾年也是好的。”
張準沒好氣的說道：“你真拿我當牲口看待啊”
沈凌菲不懷好意的說道：“這可是正事。你要知道，日本天皇的權力，現在正是最微弱的時代，你要是插手，就得從這個明正天皇插手。她雖然是德川家的人，她身邊的人，還有一些潛藏的勢力，都是迫切的想要重振天皇的威嚴的。”
張準翻身坐起來，下意識的摸摸自己