神本原於先天父母之精。《靈樞本神》說：“生之來，謂之精，兩精相搏謂之神。”《靈樞天年》又說：“血氣已和，榮衛已通，五臟已成。神氣舍心，魂魄畢具，乃成為人。”意即父母媾精結胎成形之後，神氣舍心才產生生命。此神為出生前尚未被後天所染之神，故當指元神而言。正如《性命圭旨全書》所說：“父母媾精之後，一點靈光……元從太虛中來者，我之元神也。”
元神所以在丹道書中論述較詳，乃因古代內丹家在煉養實踐中體驗總結而成。元神是先天之性，又稱“元性”、“真性”，因其不是思慮之神（即意念活動），故表現如嬰兒不識不知而又具備感覺、靈動的狀態。氣功態下，人處於恬淡虛無的境界，此時呼吸綿綿，若存若亡，無思無慮，飄飄欲仙，恍恍惚惚，這一狀態即乃元神所現。正如《黃庭外景經》石和陽注：“元神者，心中之意，不動不靜之中活活潑潑時是也。”《脈望》說：“內念不萌，外想不入，獨我自主，謂之元神。”〈武術匯宗》說：“此神亦謂之本性，亦謂之真意，其心必要清清朗朗，渾渾淪淪，無一毫念慮，無一毫覺知，則空洞之中，恍惚似見元神懸照於內，斯時殊覺五蘊皆空，四體皆假，而我有真我也。”其實，〈老子》所言“載營魄抱一能無離，專氣致柔能嬰兒，滌除玄覽能無疵，愛民治國能無為，天門開闔能無雌，明白四達能無知，”正是描述元神所主宰的出命活動狀態。
先天元神與後天識神、欲神的關係是對立統一的。“欲神者，氣質之性也；無神者，先天之性也”；“元性微而質性彰”（《青華秘文》）。人在少、長、壯、老的過程中，質性日彰，元性日微，結果欲神將掩蓋元神，此乃“氣質之性勝本元之性”；若雜念紛壇則元神即退，摒除雜念則元神即現，此乃“念止神即來，念動神即去”（《養真集》）一般人先天元神為後天識神所蔽，晝思夜夢如雲遮月，因而元神隱退，識神常日主事。若能靜定歸一、無思無念，識神自然隱退，元神真性顯現，此即佛、道兩家之所謂見性。神本由心，心無為則元神之性現，心有為則欲神之性現，故張伯端說：“蓋心者，君之位也，以無為臨之，則其所以動者，元神之性耳；以有為臨之，則其所以動者，慾念之性耳。行為者，日用之心；無為者，金丹之用心也”（《青華秘文〉）。
元神與元氣、元精的關係非常密切。“元神見而元氣生，元氣生則元精產矣”（《青華秘文〉）。內丹修煉尤重元神，故《金丹四百字序》說：“煉神者，煉元神，非心意思慮之神。”內丹本的主導思想既為“返本還元”，故要求以先天制後天，從有為返無為，逐步消除氣質之性。只要“氣質盡而本無始見，本無見而後可以用事”；“以本元之性而用之，則氣力先天之氣也”；“先天之氣純熟，日用常行，無非本體矣，此得先天制後天無為之用也”（《青華秘文》）。從這一意義上講，氣功人靜的鍛鍊過程，即為除欲神、煉元神的過程，這也是氣功效應的關鍵所在。
有人從現代心理學的角度探討元神，認為元神是人的一種無意識（潛意識）活動，但其並非是“未被意識到的意識”，而是與生俱來的帶有明顯自然屬性的“原生無意識”，與出於後天生活經驗的潛移默化逐步積累而成的無意識（如心理定勢之類）不同，是個體的一種強大而原始的內驅力源，每個人的生命活動都在不知不覺中為它所左右，其生理基礎是皮層下中樞，與真正的意識（識神）有著本質的區別。當練動者進入氣功態後，意識活動暫停，於是所有監視、壓抑原生無意識，使之不能活動的因素不再起作用，這種無意識就得以充分活動起來，它不僅能迅速激發體內之生理潛能，而且對人體的臟腑經絡、氣血陰陽等直接進行調節，使之“陰平陽秘”，從而使機體處於最佳功能態中，達到最佳練功效果。這便是元神論在氣功學中的重要