種，將那些用金色墨水書寫在牛皮上的《阿維斯陀》和贊德註解[1]的經卷丟到火中焚燬，將祆教徒綁在木頭上燒死。
他們高呼：“你們崇拜火，那何不與它相擁呢？！”
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亞歷山大立即下令救火，直到天明之時，火勢才被控制；然而，整座城市的一半已經化為廢墟。那些珍藏在檔案庫裡的祆教經典也只剩下殘破的碎片，一具具焦黑的屍體出現在城中各處。他十分後悔出征波斯波利斯，但一切為時已晚，他雖懲罰了那些起事者，也向那些倖存的祆教徒們道了歉。
但在這次事件之後，亞歷山大已經完全陷入了一種低沉和壓抑的狀態。他的軍隊駐停在了距離那裡不遠的帕薩爾加德，他對巴耳馨說：“我從平定海拉斯叛亂以來，到入侵亞洲的整個過程，打著為父報仇的名義所做的所有事，在之前我的內心認為那是絕對正義的；在知道了你和你養父的故事以後，我開始動搖了這個想法。這次在波斯波利斯，無論我出征的藉口是否正確，無論這把火是不是我親自放的，這場大火會被歷史銘記，毫無疑問，我是使它發生的最大推動者……
“巴耳馨，我的將領和士兵們以為我是為了領土和榮耀而戰，而他們之所以跟隨我也只是為了財富與地位……”他繼續說，“沒有人會真的相信我是真的為父親復仇而戰，更不會有人相信我是為了正義和真理而不斷地前進著……我太累了，巴耳馨……也許我應該放棄了……向你的養父議和，請他回來繼續做阿契美尼德的皇帝，我的將士不會反對，因為他們已經腰揣金銀與珠寶，而我將帶著我計程車兵回到我的故鄉去，歸還自由給那些被馬其頓控制的城邦，然後我將放棄王位，離開那裡，雲遊四海，陪你一起到世界的盡頭去尋找世間萬物的答案……”
“無論你去哪兒，無論你做什麼，我都會陪在你身邊……亞歷山大……”巴耳馨依偎在男人的臂膀，“我要同你一樣，放棄祭司的職位，我的妹妹會繼承我的職責，而我將和你一起浪跡天涯……”
於是，議和信被寄往了北方的埃克巴坦那，但科多曼努斯怎麼可能相信那曾經把他逼入絕境的亞歷山大會放棄自己的領土和王位，就這樣把這個帝國還給他。
他並未給出回信，繼續在東部召集軍隊，堅壁清野，希望與亞歷山大在北方和東方再次決一死戰；於是亞歷山大決定親自前往米底亞，當面向科多曼努斯表明自己的決心和意願。
他的軍隊開始向西北折返，這讓科多曼努斯以為亞歷山大開始追擊他了，他便向斯基泰人求助，然而在高加米拉戰敗之後，科多曼努斯的威信已大不如前，斯基泰人並未伸出援手，於是科多曼努斯則渡過了希爾卡尼亞的關口，繼續向東逃跑。
巴克特利亞總督貝蘇斯[2]見自己的皇帝如此落魄，便想取而代之，他連同其他貴族發動政變，將科多曼努斯拘禁；那從貝蘇斯處逃出來的，原屬皇帝的海倫尼克僱傭軍投奔了亞歷山大，通知了他這一情況。亞歷山大聽聞貝蘇斯將科多曼努斯挾持，連忙率領騎兵和輕裝步兵親自前往救援，甚至最後連夜急行軍。
到清晨的時候，一位馬其頓士兵發現了被遺棄且已受重傷的科多曼努斯躺在河邊，那時他已經瀕臨死亡，他向馬其頓士兵要了一口水喝後，表達了他對亞歷山大仁慈對待他家人的感謝，而後逝世。
不久，亞歷山大親自趕到現場，他惋惜至極，脫下自己的斗篷來為死去的國王覆上。一場隆重的國葬在帝國的首都舉行，按照亞歷山大的要求，科多曼努斯被葬在波斯波利斯的帝王陵。
之後，亞歷山大開始追擊僭位者貝蘇斯，向科多曼努斯復仇，他率軍向東討伐，進入了帕提亞，然後向南追至阿利亞[3]和德蘭吉亞那[4]，再向北進入阿拉霍西亞，穿過水之山進入巴克特里亞，並從那裡繼