【清順治三年、南明隆武二年（公元 1646 年）二月十九日，多羅貝勒博洛被清廷任命為徵南大將軍，與額山固真圖賴一起率領滿洲八旗軍自北京南下。他們抵達南京後，與約一萬兩千人的漢軍八旗會合。
在此之前，魯監國已經意識到了清軍即將發起進攻，於是決定先下手為強，以攻代守。他派遣了一支精銳的水師部隊，由王之仁率領，向杭州發起了反攻。這一行動讓清軍措手不及，也展現出了魯監國的果斷和勇敢。
王之仁，直隸保定人，崇禎年間官至浙江總兵。弘光皇帝賜其鎮倭將軍印，部下官兵達
人，他算是有實力的將領。
弘光與潞王政權覆滅後，王之仁向清朝貝勒博洛呈交了降表。隨著剃髮令一出，王之仁及其部下官兵再一次起義歸明。王之仁舉義後，浙東的反清之勢迅猛發展。拒絕投降清朝的石浦參將張名振、佔據舟山的副總兵黃斌卿以及總兵方國安等，皆領兵前來結盟。
魯監國元年（公元 1646 年）三月，王之仁率領著大明水師，士氣高昂地從錢塘揚帆起航。他們的戰船如箭一般衝向敵軍，與清軍展開了激烈的海戰。王之仁身先士卒，奮勇殺敵，他計程車兵們也都勇猛無比，毫不畏懼。經過一番激戰，明軍終於取得了勝利，大敗清軍。
這場戰役的勝利，讓王之仁的軍隊信心倍增。他們乘勝追擊，包圍了杭州城。然而，由於杭州城牆堅固，城內防守嚴密，王之仁最終未能攻克城池。只能帶領軍隊撤回了錢塘江南岸，繼續加強防禦工事，準備迎接清軍的下一輪攻擊。
五月二十日，清徵南大將軍貝勒博洛率部抵抗州，五天後，這支大軍對魯監國政權發起了攻擊。
此次進攻，清軍兵分兩路。一路由陸軍組成，從杭州六和塔、富陽、嚴州一線強渡江水。由於江水較淺，水深不及馬腹，清軍得以順利過江，並迅速展開大規模攻勢。另一路則由水師組成，從鱉子門沿海發起進攻。
事實上，魯監國政權的軍事實力並不弱小。當滿清徵南大將軍博洛於五月十五日抵達杭州時，他遠望錢塘江對岸的南明軍隊，發現其營帳在錢塘江東岸綿延兩百餘里。這一景象充分展示了魯監國麾下擁有眾多的官兵。
然而，魯監國的軍隊卻呈現出一種複雜的局面：不僅數量龐大，而且混亂無序。這意味著雖然魯王擁有眾多的軍隊，但這些軍隊的素質良莠不齊，缺乏一個統一有效的指揮體系。因此，這支軍隊實際上只是一群烏合之眾，完全沒有能力與強大的清軍進行正面對決。除了那兩萬餘名主力部隊外，其餘的都是新近招募而來的新兵，戰鬥力極為有限。
與此同時，上天似乎也不眷顧南明。原本應該是夏季多雨的錢塘江地區，由於受到小冰河氣候的影響，竟然遭遇了罕見的乾旱天氣。這使得作為天險的錢塘江失去了其原有的作用，魯監國政權的戰船被迫擱淺在岸邊。而清軍則趁機騎著馬輕鬆地渡過河流。
曾經活躍的越國公方國安如今陷入絕境，他的表現令人失望。當清軍渡過錢塘江時，他驚慌失措，只能四處逃竄。錢塘江的守軍看到清軍渡江後，士氣低落，毫無抵抗之力。方國安見狀，憤怒不已，揚言要殺光士兵們留在船上的妻子和孩子。這個威脅引發了恐慌，驚恐萬分的官兵們紛紛駕駛船隻逃離戰場，導致整個防線崩潰。最後，方國安無奈之下，只好帶著侄子方元科及少量部眾倉皇出逃。
在公元1647年（順治四年）的六月初一這天，清軍一路追殺方國安，直到追到了蒿壩這個地方。此時，方國安的侄子方元科挺身而出，帶領著一支軍隊留下來斷後，與清軍展開了激烈的戰鬥。他們成功地將清軍擊退，但不幸的是，這只是一場短暫的勝利。
四天後的初四，方國安的殘兵敗將逃到了黃岩。而清軍則緊