【朱由楥死後，隆武帝將自己對大明未來的期望全部寄託在了朱由榔身上，甚至對臣下說道：“朕觀此子儀表非凡，氣宇軒昂，他日必成大器，朕相信，這天下將來一定是永明王作天子的。永明王乃神宗之孫，其身份正統無比。朕如今尚無子嗣，朕百年之後，皇位應當傳給永明王，由他來繼承大統，延續我大明江山社稷。”
不管隆武帝這種說法有多久口不對心，就如同當年景帝代替英宗當皇帝，還專門立英宗的兒子為太子一樣，但至少說明朱由榔在宗法體制上跟朱由崧一樣才是正統的大明皇帝繼承人。
正所謂，天有不測風雲，人有旦夕禍福。不久之後，隆武政權不幸覆滅，隆武帝也絕食自盡。由於事發突然，隆武帝還來不及下令讓朱由榔襲封桂王。
隆武政權覆滅的噩耗傳到廣西后，當地的南明文武官員們陷入了混亂和焦慮之中。他們深知，沒有一個統一的領導核心，南明的抵抗力量將會被各個擊破。於是，他們開始議論起擁立一位新的君主的問題。
在這個關鍵時刻，瞿式耜挺身而出，提出了立朱由榔為帝的建議。他認為朱由榔作為神宗嫡孫，具有無可爭議的正統地位，能夠得到各方的支援和認可。他的提議得到了眾人的一致贊同，大家紛紛表示願意擁立朱由榔為帝。】
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“嫡孫？他們還真是敢信口胡謅啊！朕連嫡子都未曾有過，又何來的嫡孫呢？”萬曆皇帝忍不住吐槽了一番朱由榔後，便不再多言。此刻的他心中掛念著更為緊要之事——接見林丹汗的使者，一同商討雙方聯合出兵進攻努爾哈赤的事宜。
遙想往昔，若是提及此類聯合作戰之舉，朝堂之上的那些大臣們必定會群起而攻之，表示強烈反對。然而如今時過境遷，局勢已然大不相同。
大臣們不是擔憂被冠以東林黨的名號，就是害怕揹負上清廷走狗、準備投降清朝的惡名。於是乎，眾人紛紛轉而極力支援剿滅位於遼東地區的滿清勢力，甚至還有一部分大臣主動請纓，懇請向王公大臣、進士舉人等原本享受免稅待遇的群體額外徵收特別軍費，以充實軍餉，確保此次作戰能夠順利開展並取得勝利。
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【瞿式耜等人聯名上奏，請朱由榔監國。他們希望透過這種方式，正式確立朱由榔的領導地位，團結各方勢力，共同抗擊清軍。
朱由榔聽了眾人的話，心中有些猶豫，他覺得自己能力有限，無法承擔如此重任。於是他立即將此事稟報給嫡母桂王太妃，並向她請教該如何處理。
王太妃態度非常堅決地表示反對，她告誡朱由榔道：“兒子啊，你並不是治理國家的人才，何必為了一個虛名而讓百姓遭受苦難呢？弘光和隆武的情況就是很好的例子啊！”
之後，王太妃又對諸位大臣們表示：“你們為何擔心沒有合適的君主呢？我的兒子性格仁慈柔弱，並非能夠平定亂世的人，希望大家再選擇其他有才能的人來擔任此職。”然而，諸位大臣們仍然堅持請求朱由榔監國。他們認為朱由榔是最合適的人選，並且願意全力支援他。面對眾臣的強烈要求，王太妃最終只好勉強同意讓朱由榔監國。
隆武二年（公元 1646年）十月十四日，朱由榔於廣東肇慶府即位監國，並頒佈詔書至楚地、雲南、貴州、四川等地。他任命總督兩廣兵部尚書丁魁楚兼任東閣大學士，擔任首輔；督軍兵部尚書呂大器、兵部左侍郎瞿式耜分別兼任東閣大學士，一同進入內閣值班。
然而，監國一開始的人事安排就出現了爭端。其中，丁魁楚被任命為首輔以及授予太監王坤為司禮監秉筆太監，這兩個人在崇禎朝時聲名狼藉。因此，兵部尚書李永茂拒絕加入內閣。儘管呂大器已經接受了任命，但當看到丁魁楚成為首輔後，他感到極度不滿並不辭而別