【此時的南直隸清軍已經成功佔領了杭州，並開始抽調兵力攻打蘇淞和徽州等地。然而，無論是隆武帝還是魯監國這兩個政權，都沒有在第一時間向各地的義軍提供援助。不僅如此，他們在對抗清軍的問題上也明顯缺乏統一的規劃和策略。
魯王的軍隊在監國初期就陷入了內部爭鬥之中。當時，浙北地區的主要兵力被分配給了勳將方國安和王之仁。但是，由於與朱大典存在矛盾，方國安在擁立魯王朱以海之後，立刻起兵圍攻金華。這場圍攻一直持續到閏六月二十五日才得以解除。與此同時，一些文臣如鄭遵謙、孫嘉績、熊汝霖等則私自招募市民在瀝海一帶駐守。不久之後，這些浙兵與張國維率領的水軍匯合，並在與杭州府接壤的西興展開了激烈的戰鬥。
事實上，早在魯監國政權成立之前，方國安就在浙東一帶進行了一系列的燒殺搶掠行為。他曾經為了報私仇而圍攻金華，引發了當地民眾的強烈不滿。而在政權建立之後，各個鎮守將領更是以徵稅為名，對百姓進行肆意掠奪。這樣的行徑使得浙地的民心變得惶恐不安。
隆武元年，一些眼光敏銳的人已經意識到，南直隸地區的義軍難以抵擋清軍南下的腳步。他們紛紛呼籲隆武帝離開福建，前往浙江與魯監國的軍隊會合，共同商討如何應對清軍。
其中一個典型人物就是從浙江來到福建的金堡。他向隆武帝指出，當他抵達金華的時候，徽州已經淪陷了。如果清軍沿著徽州和淳安順勢而下，那麼方國安將會陷入前後夾擊的困境，而魯監國也將面臨滅頂之災。因此，他強烈建議隆武帝儘快出仙霞關，並且明確指出，徽州、浙西以及上江這三個地方是他們出關進兵之後首先要收復的地區。
這三個地區位於魯監國所管轄的地域的西面和北面，金堡的這個建議對提升隆武帝的地位具有極大的幫助，同時也與當時大多數浙江中部的人們的想法不謀而合。他們既對張國維等人拒絕接納隆武帝的行為感到憤慨，又期盼著隆武帝能夠進入浙江，與他們一同抗擊清軍，確保他們進入浙江的西部通道安全無虞。
然而，朱聿鍵被鄭氏家族所牽制，一直無法率領軍隊離開福建參與戰鬥，只能在福建境內徘徊。這導致了隆武政權需要獨立面對江西戰場上的全部壓力，而魯監國政權則直接暴露在從徽州而來的清軍面前。
雖然當隆武皇帝得知魯王監國後，便在隆武元年九月派遣劉中藻前往浙江地區向當地的君臣傳達旨意，要求魯王撤銷監國的稱號，降為臣子，並將其封為皇太侄。魯王的大臣們也大多傾向於與福建通好，一些士人認識到沒有稱帝的魯王只是福建抵禦清軍的北方屏障，如果沒有福建的支援，很難抵擋住清軍的入侵。然而，張國維、熊汝霖和張國俊等大臣堅決不同意，這件事進一步加劇了隆武帝與魯監國之間的矛盾。
隆武咄咄逼人，擺出一副盛氣凌人的架勢，使得魯王不得不採取堅決抗拒的態度，甚至出現了“相見陳兵”這樣劍拔弩張的局面。隆武曾經趁魯監國政權動盪不安之際，在劉中藻出使浙東的同時，迅速派遣閩官前往浙江擔任巡撫一職，並在溫、處二州設立閩官據點，派遣御史郭貞一往溫臺，王景亮往金衢，“各催餉來解”，試圖從這些地方奪取三十餘萬軍餉。
然而，溫、處二州卻是魯監國主要依靠力量——方國安軍隊的重要餉源所在地。隆武這一系列動作無疑給魯監國政權帶來巨大壓力，使得各支軍隊的餉銀無法如數獲得。面對這種情況，魯王也不得不採取行動，賄賂閩地官員。例如，左都督楊鼎卿曾拒絕接受魯藩令印，此外，對於劉中藻的無理勸諭以及陸清源誘結江上諸將的行為，魯王則模仿隆武的侵襲策略，派遣林必達、裘兆錦作為使者前往福建，暗中用公爵的高位誘惑鄭芝龍。可惜的是，這個計劃最終因為洩露而失敗，導致魯王受到了隆武