和文武大臣，為國公心確實大過私心，經過數次討論完成較為詳細合適的革新方案後，雷厲風行馬上開始革新改制。
先是革新王朝中央各大部門，用了一個多月時間，在王朝京畿範圍內，所有中央衙門順利完成重組改革。
首屆內閣大臣，由趙國公長孫無忌擔任內閣首輔，萊國公杜如晦，梁國公房玄齡，任城王李道宗，宋國公蕭瑀，申國公高士廉，鄭國公魏徵等六人為內閣次輔。
經過眾臣討論修改後，允許內閣大臣兼管新七部，由七位內閣大臣，各自負責一部的革新重組事務。
新七部沒有完全按李恪的方案革新，在保持原有禮，吏，戶，兵，刑，工等六部基礎上，將李恪提出的財部和稅部合併為財稅部。
財部和稅部整合為一後，內設稅司，財司，國庫，審計司，鑄錢司，俸祿司，稅政司等七個清吏司。
另外設財稅衛，負責保衛財稅部，國庫和各地財庫，協助收稅押運稅款等。
在稅司下設農稅科，商稅科，關稅科，礦木稅科等四科。
在財司下設預算科，防務科，建設科，行政法禮科，文教科，會計科等。
原方案提出的攤丁入畝，官紳一體納糧制，沒有被眾大臣納入改革新方案中，其他革新方案調整後都還能接受，就這條觸及文武大臣的底線，受到所有大臣一致否定。
皇帝也覺得這條不太合適此時執行，否了就否了也沒有在意，只要大部分革新方案能夠透過執行就好。
新七部尚書分別為：吏部尚書由杜如晦兼任；戶部（民部）尚書戴胄；禮部尚書溫大雅；兵部尚書由李靖兼任；刑部尚書韓仲良；工部尚書段綸，財稅部尚書竇靜。
皇宮太極殿左側，原門下省辦公宮殿，改為內閣辦公區，與宏文館和翰林院相鄰。
首屆軍機閣大臣，由衛國公李靖擔任軍機首輔，夔國公劉弘基，譙國公柴紹，褒國公段志玄，胡國公秦瓊，英國公李績，郯國公張公謹等六人為軍機次輔。
皇宮太極殿右側，原中書省辦公區，改為軍機閣辦公區。
五軍都督府，由英國公李績兼任左大都督，盧國公程知節（程咬金）擔任右大都督，主掌除水軍外的各軍事務，衙門總部設在皇城內。
軍師府由夔國公劉弘基，郯國公張公謹兼任左右神藏大軍師，主掌軍師府事務，府衙總部同樣設在皇城內。