朱常洛立即跪奏表態：“兒臣也認為只用處決瘋癲張差、龐保、劉成三人便罷，不必株連其它人等。”
“你們聽聽皇太子的話，爾等離間，為無君之臣，將使我為無父之子乎？”萬曆皇帝說完以目光示意方從哲趕緊回話。
方從哲立即叩頭：“聖諭已明，人心已定，望皇上勿再介懷。”
“速作諭來，無誤批發。”萬曆皇帝立即對方從哲叮囑道。
在方從哲授意下，刑部左侍郎張問達、理丞王士昌立即向前跪請得旨，表示立即辦理，處決張差。
萬曆皇帝利用本次召見群臣，不僅達到了保護鄭貴妃的目的，還向外界表明了皇帝和太子父子之間的親密無間，破除了外間的種種謠傳。
文武百官在退出慈寧宮時，個個受寵若驚。從來沒有如此近距離目睹皇上的天顏，聆聽皇上的聖諭。雖然聽得並不十分清晰，但退出之後莫不歡欣鼓舞，以為是“四十年來未有之盛事”。
次日，張差被以瘋癲奸徒罪處死。
張差臨死前曾說：“同謀做事，事敗，獨推我死，而多官竟付之不問。”
張差處決後，萬曆皇帝裝模做樣，命司禮監李恩、樑棟，將龐保、劉成二犯著實打問。
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因為重要證人張差已經被處決，龐保、劉成拒絕承認主使張差闖宮，李恩、樑棟用了五次大刑，二人不堪刑訊而死。
張差、龐保、劉成三個重要人證死亡，梃擊案真相遂無從查起。
刑部迅速結案，馬三道、李守才、孔道因牽連邪教，被髮配邊疆。欺負張差的李自強、李萬倉犯失火罪，處以笞打之刑，算是為張差討了點公道。
萬曆皇帝指示司禮監樑棟同禮部、工部官員為太子妃郭氏挑選墓地，並賜郭氏“恭靖端毅溫惠皇太子妃”的諡號，向朱常洛釋放善意。郭氏最終於12月25日按太子妃的規格下葬，終於結束了近兩年的停靈窘境，入土為安。
在萬曆皇帝的一番運作下，一場驚天大案最後就這樣不了了之。
因為梃擊案，鄭貴妃集團背上了刺殺太子的罪名，萬曆皇帝不得不放棄立福王為皇太子的想法。福王徹底失去競爭太子的機會，而朱常洛的地位卻更加穩固。
有人懷疑，梃擊案很有可能是朱常洛自演自導的一出苦肉計。
慈慶宮雖然只有20名侍衛，但張差一個人如入無人之境居然連闖慈慶宮三道宮門，沒有遇見一名侍衛。確實詭異。
而且碰巧正門守衛是年逾70的老太監李鑑。只要進了門、打了人，這個闖宮刺殺太子的罪名就可隨便操作了。
其次就是張差在開始的時候裝瘋賣傻，直到萬曆皇帝下旨徹查此事，鬧得朝野沸沸揚揚時才將幕後主使供出，這個時機實在是過於巧妙。
再加上當時有傳言，萬曆皇帝有意廢太子，立福王為太子。雖然看似不可能的謠言，但是也足夠讓朱常洛產生警惕。
梃擊案的蹊蹺細節，以及萬曆皇帝敷衍了事的處罰結果，都為這起案子籠上了一層神秘的面紗。
：()明末風雲之天啟大帝