武耳成山、南朱雀吉野山，處於四神守護之中，佔地東西約千米，南北約九百米。共有十二條大路，東西以朱雀大路為中心分為左右兩京。
朱雀大路是飛鳥城內最為寬廣的道路，達十九米，西側有側溝用以排水。路盡頭就是朱雀門，由此往南便是知名的羅生門。大路之間有小路相通，大路和小路一起圍成町，是分割宅地的基本單位。因為盆地容易積水，所以藤原京條坊制的道路都有側溝以便排水。
後世有的專家學者認為，在此範圍之外尚有藤原宮時代的道路遺蹟，所以京城的範圍應該非常之大，即所謂的“大藤原京說”。
飛鳥城的周圍由高達五米，且有瓦的堀立柱塀所包圍，塀兩側分別有寬五米的外濠和寬三米的內濠，修築高大的堀立柱塀是繼承了飛鳥宮的傳統，每面塀都有三座大門，這樣一來藤原宮四周共有十二座門。
南面中央的就是正通朝集殿院的“朱雀門”，其他門的名稱則取自負責宮廷守護的氏族，如“豬使門”、“海犬養門”等。
中央建築大極殿是一座蓋有瓦並塗成紅色的建築物，是此時倭國最大的建築。大極殿前，就是舉行儀式時，貴族、役人們聚集的朝堂院，共有十二棟役所，按役人的官位高低整齊排列。
大極殿後面就是被稱為里居的天皇居所，是用檜木建的堀立柱建築，“大極殿”、“朝堂院”與“里居”，三者軸心位於南北一條直線上。
藤原京的“藤原”與平安時代的“藤原”是兩回事，後者是十世紀至十一世紀前半葉的掌權氏族，距離藤原京建成已有兩百多年。在這兩百年間，都城多次搬遷，曾先後以平城京、恭仁京、難波宮、紫香樂宮、長岡京、平安京為都。
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藤原京自建成之日開始，都城的範圍不斷增大，這是受到大唐長安城的影響，因為巨大繁華的長安城是此時世界上最大的都市，它的宏偉令那些曾到過長安的倭人深為震驚，並樂於模仿。
最早用瓦的建築物是公元588年開始建造的飛鳥寺，最早用瓦的宮殿則是藤原宮。在建造藤原京的宮殿時，曾經打算用瓦，但未能實現。宮殿不同於寺院，佔地面積要大得多，需要大量的瓦，而且要在較短的時間內蓋好，以此時倭國的生產力水平來說的確很難。
只有開發制瓦技術，組織大規模生產才能做出大量的瓦來。據後世推算，藤原宮所用的瓦超過了200萬塊。
宮殿是利用人工運河來修築的，用運河運輸材料省時省力，在宮殿建好後就用挖出來的泥土和廢棄材料將運河填平，這的確是一舉兩得的好辦法。
透過後世考古發掘，在運河中發現了木簡，上面記載的時間是皇極天皇時代，這證明藤原宮在皇極天皇時代就已動工建設，據《日本書紀》記載，應該是在皇極天皇繼位的第二年，便選址動工，與發現的木簡上的時間相吻合。
但是，直到天武天皇死，仍未能建成，工程曾一度中斷。天武天皇的妻子即位成為持統天皇后，繼承亡夫的心願，於數年後開始繼續修建。削平山頭、填平低谷，以當時的生產力水平來說，這實在是件龐大的土木工程。
在定都藤原京以來，倭國政府對宅地的劃分就已經有了明確的規定。右大臣等高官貴族可以擁有四町土地，擔任政府高官的貴族佔地一至兩町，中、下級役人、庶民按家族人數、納稅額的多少分給一町、二分之一町、四分之一町不等的土地。按此時倭國的等級制度規定，中、下級役人、庶民最少可以分得四分之一町的土地。
由於宮殿佔地面積很大，所以宮殿附近的地方相對來說狹窄的宅地較多，容易自成一家，於是享有特權的貴族往往選擇在此居住。
根據後世的考證，藤原京大約有貴族、役人、庶民和僧侶等兩三萬人