除了艦隊的部分，北國水師還下轄濟縣、福江、蝦夷地等三個鎮守府和龍驤軍第四師。
夏軍水師鎮守府的編制都大同小異，一般都編制一支擁有輕型快帆信報船、老式戎克船、槳帆船及小型快舸、長龍在內各種雜式船隻的港口特務艦隊以及用於守備炮壘、承擔港口防務、維持各艦隊緇補的伏波軍一部。當然，蝦夷地鎮守府與蝦夷地都護府並非一回事，一個是水師港區管理機構，另一個則是殖民地行政當局，兩者不可混淆一談。
至於龍驤軍第四師則主要駐紮在濟縣西歸浦港、福江縣有川港、日本對馬藩嚴原港、朝鮮海州港以及北朝鮮的南浦港………北朝鮮的南浦港因為深入敵境，所以僅有不到一團兵馬扼守互市商港外的稜堡區；嚴原港的駐軍則是用來震懾當地倭人，給新近接收對馬的田川家撐腰的，所以也不過只有半團；有川港方面只來得及規劃了駐軍營地並無無實質性的兵馬入駐；該師主力兩個多旅依舊分別駐守海州和西歸浦，以應對各個方面可能出現的危機。
負責扼守長江門戶及舟山、福寧列島並協防琉球的浙海水師下轄第一巡洋艦隊、第二巡洋艦隊、第四巡航艦隊、第二信報船艦隊、第三軍輸船艦隊、第六軍輸船艦隊和琉球分遣隊。
其中第一、第二巡洋艦隊各編制三個標準巡洋艦分艦隊，每個標準巡洋艦分艦隊下轄各型巡洋艦兩隻及信報船兩隻；第四巡航艦隊下轄四個標準巡航船分艦隊；第二信報船艦隊編制三個標準信報船分艦隊；第三軍輸船艦隊編制三個標準分艦隊；第六軍輸船艦隊編制四個標準分艦隊；琉球分遣隊則由上述各部抽掉艦船、兵力組成，負責巡航北至日本薩摩南到東寧基隆的整片琉球海域，三都澳船場建造的新船也會暫時編入該分艦隊進行海試。
除了上述艦隊以外，浙海水師還代管水師大學堂下屬訓練艦隊。水師大學堂訓練艦隊包括信報船分艦隊、戎克捕鯨船分艦隊、近海運輸船分艦隊、槳划船分艦隊等，主要負責在外洋海域訓練新晉水師武官和部分水師官兵。
浙海水師另外還下屬崇明鎮守府、大衢山鎮守府、三都澳鎮守府和龍驤軍第一師，其中龍驤軍第一師第一旅駐寧波、第二旅駐嘉興、第三旅駐太倉、師統制部和師直屬團哨駐松江。
負責福建、東寧、潮州沿海及東沙、中沙、南沙並納閩、長島諸海域巡航的閩臺水師下屬第三、第四巡洋艦隊、第五巡航艦隊、第六巡航艦隊、第四信報船隊、第二軍輸船隊、第四軍輸船隊和納閩分遣隊。
其中第三、第四巡洋艦隊與第一、第二巡洋艦隊一樣各編制三個標準巡洋艦分艦隊；第五、第六巡航艦隊則各轄三個標準巡航船分艦隊；第四信報船隊下轄兩個標準信報船分艦隊；第二、第四軍輸船隊各轄三個標準軍輸船分艦隊；納閩分遣隊則由上述各部抽調艦船、人員組成，負責納閩、長島、南沙、中沙等北婆羅洲附近海域巡航任務。
閩臺水師另外還下屬海壇鎮守府、金廈鎮守府、澎湖鎮守府、南澳鎮守府、納閩鎮守府和龍驤軍第三師，其中龍驤軍第三師主要駐紮在東寧地區，另有一個團左右的兵力日常輪戍納閩地區並協助納閩鎮守府、納閩都護府震懾汶萊蘇丹國，確保各世襲都總管控制北婆羅洲。
負責廣東、廣南、瓊州、安南、越南、金蘭、占城、真臘、暹羅、呔泥、凌牙門、坤甸等海域巡航的西洋水師是原三洋水師中唯一得以保留原來名字的，其下除下轄的珠江內河艦隊、金蘭艦隊湄公河分艦隊等內河艦隊、分艦隊外，該水師還下轄第五巡洋艦隊、第二巡航艦隊、第三信報船艦隊、第五軍輸船艦隊、第七軍輸船艦隊、金蘭艦隊、海峽艦隊。
其中第五巡洋艦艦隊同樣編制三個標準巡洋艦分艦隊；第二巡航艦隊則下轄四個標準巡航船分艦隊；第三信報船艦隊下轄四個標準信報船分