錦失陷的訊息傳來，清廷不得不作出斷然決定：責成允禵率部在三姓以南擋住夏軍北進部隊；責成蘇努率禁旅八旗死守同江；清廷立刻轉移至新雅克薩城；至於新京周邊百姓，願意跟著清廷走的全部帶走，不願意走的在這屈辱山林，絕不便宜夏軍；此外，清廷通告黑龍江方面，將齊齊哈爾、布特哈、墨爾根的百姓儘量遷往璦琿。
武成十六年六月初一，南線夏軍在螞蟻河與允禵遭遇。夏軍共有兩個步師、兩個騎步師、一個騎軍師及神策軍八個團計四萬五千餘人，而允禵因為連場大戰損兵折將後無從補充及分兵扼守新雅克薩城等原因，手下只有二萬八千餘人與五千多蒙古騎兵，因此尚未開打，戰事的結局已經不言而喻了。
允禵不敢死拼硬打，只好主動後撤至三姓，試圖依託牡丹江防禦，夏軍因為松花江分艦隊尚未建立，無法控制水路因此只能暫時與清軍隔河對峙。然而允禵很快得到噩耗，夏軍在同江一線擊破蘇努所部，即將與南線部隊形成夾擊之勢。
允禵大驚失色，只好放棄牡丹江防線，主動越過鬆花江向北遁入小興安嶺，向黑龍江城方向轉進。且不說清蒙聯軍一路上如何劫掠己方百姓殘存的糧食，南線夏軍在發現允禵撤退之後，立刻北進，匯合黑龍江內河水師，迅速控制了整個新京地區。
正在松嫩平原與蒙古義從軍交戰的扎賚特、杜爾伯特兩旗旗主聽說新京丟失，果斷率部眾向大興安嶺以西地區轉移，導致齊齊哈爾、布特哈等地門戶頓開。
在蒙古義從軍的兵鋒之下，各地滿清官吏顧不得執行清廷命令便相繼逃亡黑龍江城。於是，大小興安嶺之間的廣闊地域悉數落到了華夏掌握之中，清廷只能龜縮在小興安嶺以北、大興安嶺以西的小塊地域苟延殘喘。
雪崩般的失敗讓清廷上下哀鴻遍野，丟光了老弱婦孺及牛羊的郭爾羅斯旗和科爾沁左翼前旗也出現了捨棄清廷、改換門庭的言論。此時，清蒙聯軍尚有四萬人，但控制之下的百姓不過五萬，根本沒有辦法維持下去，於是有人便自暴自棄的主張與夏軍最後一戰，卻理所當然的遭到了允禵、允佑等人的拒絕。
允禵等拿博果鐸等人在下貝加爾的勝利說話，提出樹挪死人挪活的建議。
由於允禵實質上掌握瞭如今清廷最後也是最大的一股力量，因此他的建議被毫無意外的採納了，於是清廷匆匆忙忙燒燬璦琿、新雅克薩城，挾持數萬百姓向西撤去。
清軍前腳撤出璦琿，夏軍黑龍江內河水師一部便緊接著殺到了城下。
見到清軍已經棄城而逃，夏軍毫不猶豫的追殺過去，衝著押解璦琿百姓西撤的清軍後衛進行了炮擊，導致清軍後衛大潰，相當一部分不願意再逃的璦琿百姓趁機逃入兩側山地之中，後來在夏軍的招撫下重返璦琿。
得勢不饒人的夏軍艦船一路橫衝直撞，一直突到呼瑪河附近，這才收兵。然而驚出一身冷汗的清廷上下很快發現，覺得前途無望的部分新滿洲旗兵紛紛脫離隊伍，最終跟隨清廷深入俄境的包括科爾沁人在內只剩下二萬五千餘兵馬，更可怕的是隨行百姓也只剩下了兩萬人，這就等於把清廷打回了“水濱三萬人之王”的時期。儘管一眾王公們還以“效仿祖宗定能重整旗鼓”自我安慰，但誰都知道大清已經徹底完蛋了。
只是允禵還不服輸，他隨後在莫戈恰以北擊敗了雅庫茨克督軍區派來的一千五百名俄軍，隨後又合同博果鐸、科爾沁人、布里亞特人、茂明安人橫掃整個下貝加爾地區，甚至奪取了之前博果鐸等部無力奪取的阿瑪拉斯克、希洛克斯克等幾個小型城堡，從而暫時保住清廷與科爾沁人的聯盟，讓北清繼續得以存續下去。
挑起俄清戰爭的克德里恩特督軍根本無法直面超過四萬多人的清蒙聯軍，只好死守涅爾琴斯克及各地城堡，每日向上帝祈禱，期盼來自西伯利亞總督