隨著一個個新屯莊拔地而起，治所位於臺南佳里興的天興州在管轄上便有些鞭長莫及了。為了健全地方單位、確保有效的通知，鄭克臧提議，陳永華附議在天興州以北設定一個新縣。兩人的報告呈到了思明，朱錦欣然命名為諸羅縣，並任命部將陳可為知縣。諸羅雖然只是“縣”，但並不隸屬於天興州，依舊直接隸屬於承天府，不過承天府此時也有名無實，因此實際上等於明鄭中央直轄縣。
成立新縣雖然已經確定，但緊接著問題也來了。新縣的縣治設在哪裡？根據朱錦賜予的縣名，諸羅縣的縣城自然該設在諸羅山。“諸羅山”，系源自平埔族原住民洪雅族社名之譯音，荷蘭人稱之為“tirosen”社。
諸羅山在早年就城為中國大陸大規模移民臺灣之據點之一。明天啟元年（1621年），原籍福建漳州的海盜顏思齊引率移民自笨港登陸，據以開墾拓荒。天啟四年（1624年）荷蘭人佔據臺灣，初期統治今之安平與臺南市區一帶，不久即安撫了諸羅山一帶的平埔族，並對此地加以經營，風景幽美的紅毛埤（今之蘭潭水庫），即是當時荷蘭人所鑿。
朱成功收復臺灣之後，諸羅山一度位於天興縣（州）的最北境，按照朱錦賜名的用意顯然是希望把這裡作為新縣的縣治。朱錦這些選擇自是考慮到當地殷服明鄭政權已久，統治基礎穩定，然而卻跟鄭克臧的想法有異。
“陳先生，餘以為諸羅山可以從天興州劃出，但最為新縣縣治卻過於偏南了，餘以為，要更好的拓殖北路安撫司，新縣的縣治就儘可能的北移。”鄭克臧的手指在一張極為簡陋的臺灣全圖上指點著。“所以，餘選這裡。”
“龍目井？”看著鄭克臧手指的，位於烏溪以北、大肚臺地以西的某處，陳永華倒吸了口冷氣。“世孫，這是不是過於北面了，縣治關於全縣安危，萬一有社番來襲，不，不，太冒險了。”陳永華否定了鄭克臧的選址，不過他也同意鄭克臧縣治應該儘可能的北移以方便照應烏溪以北屯墾拓殖點的建議。“臣以為，還是選這比較好。”
“竹塘？”竹塘位於濁水溪的北岸，雖然比諸羅山更北，但比鄭克臧一開始提議的龍目井的位置要更接近明鄭政權的核心統治區，因此即便周遭有二林社、眉裡社、東螺社等幾支屬於巴布薩族（babuza）的社番存在，但安全性要相對高出了許多，不過這卻不是鄭克臧所想要的。“還是太南面了吧，餘以為將諸羅山從天興州劃出，少不得要補償該州一二里保，這麼一來，”鄭克臧在地圖上比畫了根線，將相當一片沿海平原劃給了天興州。“陳先生，要不，諸羅縣城定在鹿仔港吧。”
“鹿仔港？”陳永華想了想，鹿仔港的地名據說是因為荷據時期此地大量出口鹿皮而得名，邊上有個比較原始的馬芝遴社，不過這族社番武力極弱，而且早就順服明鄭方面的統治，因此在安全上絕無問題。“不行。”出乎鄭克臧的意料，他認為未來有極好發展餘地的港口城鎮卻被陳永華毫不留情的否決了。“此港若是大興，萬一清軍直接由此上岸，又該如何是好？”兩岸緊張的軍事形勢是陳永華否定鹿仔港的主要因素。“臣看還是放在秀水好了。”
從鹿仔港到秀水大約有不到二十公里的路程，若是鄭克臧不修什麼水泥縣道，這就意味著一天以上的路程，因此將縣城設在秀水或許就可能得到了足夠的預警時間。但這僅僅只是可能而已，一旦清軍真的自鹿仔港登陸，秀水的縣城在一天甚至不到一天的預警期內能做的也不過是或是關門自守或是棄城而逃，根本來不及調來援軍實施反攻。
所以鄭克臧還想據理力爭，但抬頭一看，就發現陳永華的官帽下露出的鬢角已經呈花白色，鄭克臧當下便有所觸動，遂決定在這種並非關鍵性的問題上遷就對方的意見：“那就如陳先生所言上報父王吧”