且對黃石的節操很有疑慮，福建戰局依然僵持，黃石雖然在陸地上戰無不勝，但終究無法剿滅鄭芝龍為首的海上集團。接著，八月二十二日，天啟皇帝朱由校駕崩。十一月初六日，魏忠賢在阜城上吊自盡。黃石的政治靠山垮臺，東林黨迅速佔據朝堂，開始清算閹黨餘孽。雖有孫承宗等人力保，但黃石還是不幸淪為打擊物件之列。陳新依靠大罵閹黨起家，名聲鵲起，得文登營之基業，同時開始打探黃石這個歷史上不存在的名將的底細。
崇禎元年（1628年）上半年，以“師勞無功”、“依附閹黨”等罪名，黃石被降為福建北路副總兵，隨即又貶為參將，甚至差一點被處決，虧得有孫承宗和一干士林擁躉說好話，這才沒有落到更糟糕的處境。
可之前向山東商人借貸的大筆軍費（平蠻大借款）難以償還，福建官府拒絕墊付，痛打落水狗的地方官甚至剋扣此前福建沿海戰事消耗的軍費，也不發放閩南作戰勝利的犒賞，又彈劾福寧軍在閩南劫掠士紳（官府不給糧不發軍餉，軍隊不吃大戶根本沒法活），福寧軍一時間內外交困，黃石的財政陷入空前絕境。
接下來，熊文燦就任福建巡撫，企圖招安鄭芝龍的海商/海盜集團。為了討好鄭芝龍，也是為了獻媚於當權的東林黨，熊文燦開始對黃石這個“閹黨餘孽”發動進一步的打壓，不僅自毀福建海防，還羅織罪狀要殺黃石的手下大將趙慢熊、賀定遠等人，黃石只得安排他們逃亡到臺灣張偉的地盤上暫時避一避風頭。
艱難的等待之中，九月一日，臨高眾的“聖船”豐城輪終於抵達這個世界，同時發現黃石失蹤。卻不知在臨高縣城裡早有黃石的探子。年末，得知訊息的黃石，從福建派遣密使來臨高送信訴苦，不久臺灣張偉的使者也來到臨高。但在這個時間點上，三方的力量暫時都極為有限，且彼此信任也成問題，未能很快扭轉局面，不過總算是延遲了鄭芝龍被招撫的時間。經過一番討價還價，張偉在臨高得了個元老頭銜，而勞苦功高，坐擁雄兵的黃石同志，則躋身為臨高的“執行委員”之一（長期外派，基本純屬一個頭銜）。
崇禎二年（1629年），皇太極揮師破關，席捲京畿，由於之前被黃石的先進戰法磨礪了幾年，以及袁崇煥的大肆通敵賣國（《竊明》劇情設定），八旗軍的戰鬥力遠比歷史上更強，在內應袁崇煥的全力配合之下，皇太極一度幾乎攻破北京。雖然後金軍最終未能破城，但明朝的損失也遠比歷史上更重，整個河北完全糜爛，大批軍隊譁變潰散或被殲滅。不過陳新的文登營倒是在最後的反擊戰之中表現出彩，得到崇禎皇帝的嘉獎與讚譽。但是由於這個世界的歷史早已被黃石攪亂，陳新的表現暫時並未引起南方穿越者的注意。
同年春，儘管有穿越者們一再搗亂和拖後腿，但鄭芝龍的海盜/海商集團終於還是被熊文燦招撫，鄭芝龍成為“海防遊擊”，穿著官服榮歸閩南故里，實際控制福建南部，並且對福建省北部的黃石虎視眈眈。
另一邊，黃石依靠臨高方面資助的現代工業品，勉強還清了“平蠻大借款”，卻被熊文燦趁機彈劾“勾結海盜”，企圖下獄治罪。虧得崇禎皇帝在逮捕袁崇煥之後，也甚為後悔當初縱容袁崇煥違反法度，擅自斬殺毛文龍之事，才把福建當局對黃石的彈劾暫時壓下。而熊文燦也沒有袁崇煥那樣破壞體制，擅自斬殺大將的勇氣，這才讓黃石暫且逃過一劫。但另一方面，死要面子的崇禎皇帝同樣沒有再次啟用黃石的打算。
從此之後，福建官府處處優待鄭芝龍等一干投誠海盜，不斷侮辱和苛待黃石的部下，全靠臺灣張偉和臨高方面的暗中輸血，才維持住福寧軍不至於崩潰——於是，惱火的黃石對明朝再無半分留戀，開始將麾下部分將士派往臨高，襄助元老院的征服大業。而飽受欺負的福寧軍上下，對於忘恩負義，認賊作父（過於厚