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經過四年戰爭，燕王朱棣在建文四年攻入南京，宮中起火，建文帝卻不知下落。有三種關於建文帝下落的說法，一種是*說，即建文帝和后妃在宮中*而死，一種是出家為僧說，一種是建文帝駕著小舟逃亡海外說。當時居然有一個建文帝的假冒者，那是在明英宗正統年間，一個九十多歲的老僧自稱是建文帝，來到皇宮，英宗派大臣審理此案，審案的一位御史發現了破綻，說建文帝如果活到現在，應為六十四歲，而這個老僧已有九十多歲，老僧無言以對，只好說了實話：原來老僧年輕時遊歷過很多地方，聽說過關於建文帝出家為僧、逃亡出走的一些故事，他此次冒充建文帝是他的同伴僧人的主意。真相大白之後，英宗下令將老僧關在獄中，不久死在獄中，其他的同謀僧人被髮配邊疆。
建文帝的長子朱文圭被大火燒死，次子朱文奎當時只有兩歲，被朱棣囚禁在廣安宮，一囚就是五十五年，在明英宗的時候重獲自由，被釋放的時候已經是五十七歲了，已經成為白痴，竟然連牛馬也分不清了，不久就死去。歷史總是很相似，當初王莽推翻漢朝的皇帝，也是同樣把那個小皇帝關了很長時間，出來以後也是一樣分不清牛馬，成了白痴。
“靖難之役”結束之後第二年，公元一四零四年，在中亞興起的成吉思汗的後裔帖木兒帝國，正決心恢復蒙古帝國東方的故有版圖。帖木兒大汗從他的首都撒馬爾罕出發東征，準備進攻中國，不料在中途逝世，軍事行動中止。如果帖木兒不死的話，根據已知的資料推斷，明王朝以當時殘破的力量，勢必將無力抵抗，一個新的異族統治，可能再次出現。
第三章 明成祖朱棣
朱棣攻入南京，自稱皇帝，改年號為永樂，對建文帝的大臣大加殺戮，有許多人慘烈死去，其中有建文帝的心腹齊泰、黃子澄、方孝孺等八十餘人，他們被施以割鼻、寸磔、下油鍋的酷刑，並禍連宗族、親友、門生，他們的妻女被賣給妓院，受到百般凌辱。其中最慘烈的，被明成祖“誅十族”的，就是方孝孺。方孝孺是建文帝最忠心的大臣，明成祖召用他，他不肯屈從，明成祖要滅他九族，方孝孺說，“十族奈我何”，明成祖大怒，命左右將方孝孺的嘴割破，直割到兩耳，然後殺頭，之後又滅他的九族，接著又把他的老師朋友門生列為一族，稱做“十族”，共死八百七十餘人。在方孝孺之前，最重的刑罰也只是“誅九族”，明成祖竟然滅了方孝孺的十族，可謂是空前絕後的殘暴。這次清洗，前後殺死數萬人。當時有兩個忠於建文帝的大臣準備刺殺明成祖，為建文帝報仇，但都沒有成功。一個是御史大夫景清，懷藏利刃，被明成祖發現，明成祖命人將景清身上的肉用鐵刷子一塊一塊地刷掉，骨頭一塊一塊地打斷，在滅了景清的九族以後，景清的街坊鄰居都受到了株連，整個村子都成了一片廢墟，這是比族誅還要嚴重的連坐之刑。另一個是御史高翔，在朝見明成祖的時候，穿著喪服入見，語多不遜，明成祖將高翔“族誅”之後，又刨了他的祖墳，就是連種其田地的普通百姓也受到了株連。這種做法被稱為“瓜蔓抄”，就是順藤摸瓜之意，轉相攀連，廣加誅殺，只要是和犯罪的人稍微有一點點聯絡，也會受到牽連而被誅殺。“瓜蔓抄”之風一直延續多年，許多人無辜受到株連。尤其在明成祖晚年，脾氣性格變得異常殘暴和怪異，動輒對宮女大加殺戮，被殺的宮女將近有三千人，成為明代後宮最大的慘案。