大車，思宗知道後命將其緝拿回京，魏忠賢在旅館中聽到訊息後，自縊而亡。客氏也被處死，魏客兩家家屬親眷也被斬首。接著又把魏忠賢的閹黨相繼罷職，“五虎”、“五彪”、“十狗”等也被定罪。為東林黨人*昭雪，起用他們擔任官職，使他們進入內閣，時稱“東林內閣”。
在東北，努爾哈赤在萬曆年間經過30多年的征戰統一了女真族的全部。之後正式稱汗，建立大金，史稱後金，定都盛京，即現在的瀋陽，接著努爾哈赤便開始了對明朝的進攻。崇禎帝啟用已經解職回鄉的大將袁崇煥出任兵部尚書，督師薊遼，平息後金叛亂。極有軍事才能的書生出身的鎮守邊關的遼東巡撫袁崇煥同一萬名守軍在孤立無援的寧遠城用從葡萄牙購來的新式武器——紅衣大炮，也就是早期加農炮，打得努爾哈赤13萬軍隊大敗而歸。但不久，47歲的袁崇煥被以“謀叛”罪凌遲處死。崇禎帝殺袁崇煥，等於是“自毀長城”，袁崇煥也許是當時唯一一個能抵擋住後金進攻的將領。袁崇煥冤死的原因是金國用了反間計，反間計的過程大致是這樣的：努爾哈赤和袁崇煥交戰之後，大敗而歸，努爾哈赤自己也被紅衣大炮擊中而身受重傷，回到都城盛京之後，鬱憤而死。他的第八個兒子皇太極繼承了他的汗位，皇太極幾次進攻袁崇煥也未取得勝利，十分頭痛，於是想了一個計策，皇太極正好當時在與袁崇煥交戰的過程中俘虜了明朝的兩個太監，於是優待這兩個太監，再讓三個將領故意悄悄談論袁崇煥正在與大金國相勾結，又故意使這些談話讓這兩個太監聽到，然後又故意放走這兩個太監，讓他們去向明朝廷報告。這是羅貫中所著的《三國演義》當中有一回群英會蔣幹中計的翻版，剛愎自用、疑心太重的崇楨帝自然相信了這個反間計，結果是袁崇煥被凌遲處死，然後傳首邊關示眾，屍體被北京民眾爭買而食，家被抄，但家無餘資。袁崇煥沒有兒子，妻子和兄弟也被流放到福建。袁崇煥案成為崇楨朝最大的冤案，一百多年之後，乾隆年間，當時明朝和袁崇煥同朝為臣的大臣們也早已死光，沒有人知道袁崇煥的冤屈和事情的真相，清人在編寫《明史—袁崇煥傳》的時候，才把當時的真實情況披露出來。據說這條反間計是皇太極手下的第一漢人軍師範文程給他出的計謀，宋朝有個“先天下之憂而憂，後天下之樂而樂”的名臣范仲淹，范文程就是他的後人。
袁崇煥死後，副將祖大壽聞訊大驚，率領部下毀壞山海關而出，直奔錦州，投奔後金。祖大壽給他的外甥吳三桂寫了一封招降信，但這時的吳三桂不從。祖大壽投降後，崇禎帝派薊遼總督洪承疇統領吳三桂等八總兵共十三萬人前往救援錦州，洪承疇在*李自成的征戰中，立了大功，但在錦州被圍了六 個月，食盡，被俘，投降後金，吳三桂逃走。錦州之戰標誌著明朝在遼東防禦體系的完全崩潰，在關外只剩下寧遠一座孤城。
在後金軍隊對明朝大舉進攻的同時，農民起義也風起雲湧。當時的農民武裝起義領袖中，以高迎祥和張獻忠最為著名。高迎祥在陝西開始起義，注意紀律，受到人民的歡迎，因而更加強大，被稱為高闖王。但在崇禎9年，1636年，明朝善戰的孫傳庭在陝西大捷當中，俘虜了高迎祥，送到北京，以叛亂罪磔死。高迎祥的部下共推他的外甥李自成為闖王。李自成是陝西米脂人，本是一個安份守己的貧苦農民，小時候給人放羊，曾是明朝廷�