屯務司的人開始在林縣磁縣等地召集流民，與留下的那批俘虜一起建立屯堡，這個地方就不能像登萊那樣修個圍牆就了事。必須建起夯土城牆，短時間是無法完工的。另外便是佔據土地。陳新給屯務司的指示是，土地有爭執的。可以給銀子買。
林縣那個知縣被呂直一番威逼，現在不敢管登州鎮的事情，陳新臨行前也去拜訪了一下，大棒之後又給了點胡蘿蔔，不過他的說法又變了一下，只說是有些俘虜無法安置，呂監軍打算安排他們在林縣屯田，到時候照樣給林縣納稅，是林縣一個大大的政績。
那知縣恍然大悟。以為呂直要當地主，於是陳新在中間借了呂直的勢，知縣被忽悠進去了，他當然也不會去找呂直對質，連連表示要關照那些人，他還連夜查了田冊，然後帶人去給陳新他們看了爭執會比較少的拋荒地，於是林縣屯堡的第一步已經走出去了。
留下的一個司帶著些俘虜繼續在戰場各處掩埋屍體，倒不是他們心地好。五六月氣候炎熱，屍體容易引發疫病，既然他們要在此安營紮寨，那麼這就是必須做的。雖然有個隨隊的農科所吏員說屍體可以肥田，但從官兵到流民都沒人願意把屍體埋到田地裡面。官軍離開之後，陸續也有逃散的當地居民回鄉。此時才發現他們有了一批新鄰居。
這個初始的據點對登州是重要的一步，登州鎮目前在青州府進行著緩慢的滲透。將那些無主的土地收入治下，以接收越來越多的流民。這種動作與當地肯定有衝突，所以陳新才要讓趟地虎不斷在青州府製造事端，一來轉移官府視線，二來用匪患牽制那些縉紳，而這個時候，他給吳堅忠的命令已經發了出去。
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崇禎六年的五月，官軍連續在陝西和河南大捷，斬殺流寇過萬，三十六營在太行山兩邊跑來跑去，想尋一個軟柿子，可惜他們都沒找到，北方的邊軍他們對付不了，河南這邊的登州鎮他們也搞不過，活動範圍越來越狹窄。
陳新與曹文詔取得聯絡，兩軍沿太行兩側齊頭並進，防止流寇利用進軍的差異往復流竄，但實施起來才發現困難多多，許多流寇流竄進山，這兩支強軍也是剿不勝剿，太行山脈山巒起伏，那些流寇又沒有山寨可打，往往追擊一日連人都看不到幾個。連登州的步兵都是如此，曹文詔的騎兵更費勁，他只得減慢速度慢慢前進。
六月初，陳新帶著耿仲明、左良玉等部進入衛輝府，鄧玘的川軍則比他們還早一些，除了馬祥麟老婆張鳳儀領著的千名川軍外，秦良玉在崇禎三年帶來的石柱兵餘部都聚集在了衛輝府。
當時秦良玉領石柱兵九千勤王，到現在已經被秦翼明帶先走了幾千人，沒有秦良玉秦翼明這樣的主心骨，川兵們也經常鼓譟，嚷著要回鄉，此時的薊鎮新兵操練完成，朝廷也擔心川兵鬧出事情，便同意了他們回家，但要求順路剿滅流寇。從北直隸到河南途中，陸續有些人馬離開先行回鄉，現在剩下的大概四千多，鄧玘領了兩千餘，馬祥麟和張鳳儀各領千餘，其中的張鳳儀所部已調往懷慶府城。
林縣大捷的訊息傳開後，河南巡撫玄默找到了目標，親自來帶領東路軍，集結地定在衛輝府，東路大軍雲集，計有登州鎮團練總兵營四千、登州標營七百、川軍四千餘、京營五千、昌平兵兩千、大名府團練兵兩千，河南本地毛兵四千。其中戰力最強的是登州鎮和川軍，但兩軍都是步兵為主力，其他各部營兵不堪大用，可依賴的只有家丁。
在河南的官軍人數名義上超過兩萬，實際上各部有多有少，京營和河南兵有不少空額，左良玉則遠遠超過，他們按玄默的要求駐紮在輝縣，等待巡撫的到來，輝縣城外佈滿軍營，
三十六營抗不住北方邊軍的壓力，往西突圍被許鼎臣阻截後，他們只能盤踞澤州，透過流動來不斷牽制官軍，但他們鬆散的體制很難形成合力，