轟擊的破破爛爛，要想把造船廠恢復原樣，將會是一個非常巨大的工程，需要日本投入大量的人力和財力。
離開橫須賀之後，林大鑫的艦隊沿著東京灣海岸把整個東京灣的幾個港口城市如橫濱、川崎等，輪番轟擊了一頓，幾個港口的岸防炮面對強大的水師學堂第一艦隊和第二艦隊的6艘鐵甲戰列艦和9艘大型快速裝甲巡洋艦上面的大口徑艦炮，根本起不了什麼作用。剛剛對著水師學堂海軍艦隊開火，就被強大的艦炮火力給摧毀了！
幾個港口城市都被艦炮轟擊的損失慘重，但是根本拿海面上的水師學堂海軍艦隊沒有辦法，只能等水師學堂艦隊轟過癮了離開後，再派出人員開始撲滅炮擊引起的大火，搶救傷員。然後對著已經離開的水師學堂海軍艦隊一頓詛咒！
最後水師學堂海軍艦隊來到日本的首都東京，林大鑫依然沒有客氣，先把東京港口的十幾門岸防炮摧毀了，然後派出隨船一個營的海軍陸戰隊，在東京城的港口搶了十幾艘排水量比較大的運輸船，最後還對著東京城內放了半個多小時的炮火，看著東京火光沖天，林大鑫才滿意的命令艦隊調轉船頭，離開了東京！
日本的東京城內大部分房屋都是木板搭成的，水師學堂艦隊的炮火把這些木製房屋點燃了一大批，一間房屋著起火來，馬上就會把旁邊的房屋給點燃了，這樣子著火的房屋就越來越多，等水師學堂海軍艦隊離開時，大半個東京城都燃燒起來！雖然日本首相伊藤博文已經命令東京的居民疏散了，但是還有很多的東京居民沒有離開東京城內自己的家。等東京的大火2天后終於被近衛師團計程車兵撲滅，整個東京城內收拾出了至少2萬具燒焦的屍體！
等東京城的大火被撲滅後，明治天皇和大本營的各位日本高官從東京郊外回到了東京城內，明治天皇看到東京城內的慘狀，特別是連自己住的皇宮都損毀了一大半，明治天皇的眼淚又嘩嘩的流了下來。
“北洋水師真是毫無人性！竟然對東京的平民犯下了如此滔天罪行！”明治天皇流著淚惡狠狠的說道，但是明治天皇沒有考慮在大清的日軍北路軍，攻佔盛京後，對城內的清軍戰俘和居民進行了慘無人道的屠殺！
己所不欲勿施於人的道理，明治天皇還沒有搞清楚！
日本首相伊藤博文面色陰沉的說道：“天皇陛下！已經得到訊息！這次攻擊東京灣的艦隊是林大鑫麾下的艦隊，北洋水師本隊依然留在吳港！而且佔領吳港造船廠的清軍，已經把造船廠的裝置給拆卸下來，看樣子是想把造船廠的裝置運回大清！”
明治天皇咬牙切齒的喊道：“又是那個林大鑫！情報部門是幹什麼吃的！到現在還沒有對那個混蛋林大鑫進行刺殺！朕不是早就下令讓情報部門除掉林大鑫了嗎！”
旁邊的日本外相陸奧宗光回答說道：“天皇！林大鑫一直被大軍團團保護！帝國的情報部門實在是找不到機會！”
明治天皇怒火沖天的說道：“命令情報部門不惜一切代價除掉林大鑫！”
然後明治天皇又流下了眼淚，“嗚嗚！我們大日本耗資巨大的2個造船廠都沒有了！朕的聯合艦隊什麼時候能重建啊！”
把東京灣一頓狂虐的水師學堂海軍艦隊，帶著搶來的十幾艘日本運輸船，回到了瀨戶內海的吳港，經過了2天的裝運，把吳港造船廠的大部分裝置都裝上運輸船，然後水師學堂海軍艦隊和北洋水師本隊，帶著在佐世保俘虜的3艘軍艦、吳港造船廠內4艘幾乎建造完成的軍艦，與幾十艘運輸船離開了吳港！
日本人心中清楚吳港海面上有強大的北洋水師艦隊，日本現在自己實在是無力抵抗，所以根本沒有對佔領吳港的清軍進行過攻擊，讓海軍陸戰隊順利的用2天就把造船廠搬空了！
在離開吳港前，林大鑫還命令艦隊對著空空如也的吳港