九點四十三分，萊特號再次被三枚魚雷命中，艦體嚴重傾覆。整個戰艦在烈火和濃煙中掙扎著，但也沒挺過十分鐘，在九分十一秒沉沒。
企業號航母艦橋內，尼米茲眼看著美軍的航母一艘接著一艘的沉沒卻是沒有任何辦法。從附近趕來的美軍防空戰艦。雖然擋住了一部分中華帝國的飛機，也擊落了十幾架，但卻無法挽回整個局面。
短短不到三十分鐘時間，已經沉沒了十二艘航空母艦，超過500架各式戰機被摧毀，這使得尼米茲根本沒法組織對聖胡安的第三波次的空襲了，甚至他發現自保都成問題。
九點四十七分，羅啟東航母戰鬥群對尼米茲艦隊的第一波攻擊行動結束。在付出了17架F8魚鷹艦載魚雷轟炸機和11架F6野貓艦載戰鬥機的代價後，剩餘飛機成功返航。
武當山號航母艦橋內，羅啟東一直拿著耳機聽著攻擊機群的無線電通話，雖然沒有見到美軍航母一艘接著一艘被擊沉的壯觀場面，但是他聽著飛行員們因為興奮而喊著的一句句髒話，他同樣是非常高興的。
“準備第二波次攻擊！”
“是！”
羅啟東歡快的下達了命令，而另一邊的尼米茲同樣下達了一道命令。不同的是。尼米茲的命令是全艦隊撤退。因為他已經接到在聖胡安上空的第二波次的美軍攻擊機群的指揮官的報告，稱美軍大陸轟炸機群已經抵達聖胡安進行轟炸。不過遇上了麻煩。
尼米茲憑藉他敏銳的軍人直覺。他知道這次偷襲行動雖然成功了，但是美軍將付出巨大的代價，傷敵一千自損八百是無法避免了。
尼米茲下令艦隊開始後撤，不過艦隊還得等待第二波次的攻擊機群從聖胡安回來，這需要四十分鐘的航程和三十分鐘的回收飛機時間，尼米茲擔心在此期間中華帝國的飛機會再來攻擊，於是派出偵察機和戰艦向東南方向推進。希望能夠逼退中華帝國的航空母艦。同時，尼米茲也下令企業號等五艘未受傷的航空母艦上的魚雷轟炸機待命。一旦偵察機發現中華帝國的航母，則立即起飛前往攻擊。
同時。尼米茲也不得不派出大量的艦艇搶救落水的美軍官兵，以及另外五艘受傷的航母也急需要儘快修理，尼米茲希望她們儘快恢復戰鬥力，這樣他的艦隊就多一份安全保險。
然而，令尼米茲無法想象的是，羅啟東的航母戰鬥群的第二波攻擊機群很快準備完畢。這得益於武當山號和峨眉山號航空母艦可以同時允許飛機起飛和降落，第一波攻擊機群很快就完成了降落動作，停留在飛行甲板上的帝國海軍士兵們迅速對戰機進行檢修和維護，加裝燃油和武器彈藥，救治受傷的飛行員，中華帝國海軍航空兵在這一刻表現的訓練有素，一系列作業不到半個小時就完成了。
十一點四十五分，武當山號航空母艦上的第二波次的攻擊機群開始起飛作業。30架F6艦載機、86架F8魚雷轟炸機和6架B2戰術轟炸機在空中完成戰鬥編組。五分鐘後，從峨眉山號航空母艦起飛的24架F6艦戰、36架F8魚雷轟炸機和2架B2轟炸機亦完成編隊，兩隊機群再次組成攻擊梯隊，間距30公里，向尼米茲艦隊方向飛去。
與此同時，武當山號航空母艦的兩架F6艦載偵查戰鬥機發現了來自尼米茲艦隊的美軍偵察機，並迅速將其擊落。不過，在擊落美軍偵察機之前，尼米茲已經獲知了中華帝國海軍的航母戰鬥群的位置。
但尼米茲並不知道羅啟東的第二波次的攻擊機群已經出發了，按照尼米茲的推斷，中華帝國的第二波次攻擊應該在20分鐘之後才出發，在一個小時後才能發起攻擊。
於是，尼米茲下令剩下的五艘完整的航空母艦上的120架F2A水牛魚雷轟炸機起飛，前往攻擊羅啟東的航空母艦。
不過從一開始，尼米