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山東是直隸的最後一道屛壁，明軍佔領了山東後，就可以直接進攻直隸，進而直上大都。慕容燕得到訊息後，決定親赴前線，主持這滅元的最後一戰。而位於後方的應天，則交給了剛剛投奔明軍的劉基。慕容燕命他負責北伐大軍的後勤。
……
半年後，大都城，只見城頭上殺聲如雷，箭矢如雨，兩隻軍隊正在圍繞著城池的歸屬而進行著激戰。
早在五個月前，明軍就已經攻到了大都城下，可大都不愧為元廷的都城，明軍攻打了五個月，都沒有攻下來。但歷經五個月的強攻。大都也已是強弩之末了。
突然，緊閉的城門被緩緩開啟，位於城門外的明軍高聲叫喊著“城破了！”衝進了城門……
元順帝至正十八年，歷經五個月的奮戰。明軍終於攻破了大都城。元順帝逃往漠北，威震世界的元蒙帝國就此覆滅。
滅亡了元朝後，慕容燕在大都宣佈正式建國，國號為“明”。改大都為北京，定位都城，改元“慕平”。定明教為國教，並在全國各地修建大光明寺。為了使明教能更為中原人士所接受，慕容燕組織人手，參考釋、道、儒三家典籍，開始修改教規、教義，將赤身安葬等不被中原百姓接受的規矩盡數廢除，但濟世為民等主要宗旨沒有變。
慕容燕仔細考量後，借鑑基督教和伊斯蘭教的制度，在新國家採用了政教合一的政體。國家的最高首腦稱為教皇，同時也是明教的最高首腦，慕容燕為明朝第一代教皇。在教皇之下，設有十二名聖火使，輔佐教皇，原有的光明使者、法王、散人等職務盡數取消。
雖然聖火使是明教中教皇以下的最高職務，但原明教高層卻並無多少人位列其中，十二名聖火使中大半是像劉基、朱升這樣後加入的謀臣。蓋因聖火使不但是明教中的重要職務，同時還肩負著治國的重任。像殷天正、韋一笑等原明教高層，雖然武功高強，但卻並無多少治國才能，若是讓他們擔任瞭如此重任，那必定將國家治理的一片混亂。所以原明教高層中，最後只有楊逍、範遙、彭瑩玉、鐵冠道人四人成為了聖火使。
為了不虧待許多不適合做官的原教中功臣，慕容燕特設了元老院來安置他們，殷天正、韋一笑、周顛、冷謙、說不的等都加入其中。慕容燕還規定，除教皇是終身制以外，其餘官員包括聖火使在內，都要在七十歲致仕。而到達一定品級的官員，致仕後就可加入元老院。元老院最重要的一項職能就是任免教皇。為了限制教皇，防止他胡作非為，現任聖火使中有三分之一的人提議，就可以召開元老院會議。在會議上，有超過三分之二元老同意，就可以罷免教皇。當老教皇去世或卸任後，元老院中的元老就要用投票的方式，在現任的十二名聖火使中選出新的教皇。
慕容燕在趕走了蒙古人後，又相繼派兵平定了西域、雲南、四川等地，將中華徹底統一。
兩年後，慕容燕見國事日漸平穩，新生政權日漸安定，便決定離開倚天的世界。於是他召叢集臣，宣佈了退位的決定。群臣不明他為何突然在正如日中天的時候要退位，紛紛進言苦勸，往他收回成命。但慕容燕心意已決，堅決要退位，群臣無法，只得由著他。慕容燕退位後，等待元老院選出新的教皇后，就在教皇宮前的廣場上，攜趙敏、周芷若、小昭、黛綺絲四女一起回到了九空無界。
趙敏、周芷若、小昭三女早已情繫慕容燕，不論慕容燕到哪裡，她們都會追隨。而黛綺絲會和慕容燕一塊走，則是因為小昭。經歷了這麼多年的風風雨雨，紫衫龍