聯盟艦隊在歡呼勝利的同時，也面臨著戰後的諸多挑戰與變革。林羽深知，這場勝利只是暫時的，宇宙的和平仍需長期的努力與守護。
首先是艦隊的修復與補給工作。在與神秘勢力的激烈戰鬥中，許多戰艦受損嚴重，能源和彈藥也消耗殆盡。聯盟不得不組織大規模的救援與補給行動，派遣工程船和運輸船前往戰場。
林羽親自指揮著修復工作，他穿梭於各艘戰艦之間，評估著受損情況，並與工程師們商討最佳的修復方案。“這艘戰艦的能量護盾發生器受損嚴重，需要更換新的核心部件。”林羽指著一艘千瘡百孔的戰艦說道，“我們必須儘快從盟友那裡調配資源，確保修復工作的順利進行。”
工程師們點頭稱是，他們迅速行動起來，有的在戰艦內部進行精密的儀器維修，有的則在船外使用機械臂修復外殼的破損。然而，資源的短缺成為了修復工作的一大難題。一些珍稀的材料在戰鬥中大量消耗，聯盟內部的儲備也所剩無幾。
外交使團再次發揮了重要作用，他們與各個盟友文明緊急協商，請求支援。一些文明慷慨解囊，提供了所需的材料和技術人員；而另一些文明則提出了交換條件，要求聯盟在未來的事務中給予一定的支援或資源共享。外交使團在權衡利弊後，儘可能地滿足了各方的要求，確保了修復工作的物資供應。
在艦隊修復的同時，聯盟也開始對神秘勢力的殘餘力量進行清剿。雖然神秘勢力的老巢已被摧毀，但仍有一些散兵遊勇在宇宙中流竄，他們可能會繼續對聯盟構成威脅。
林羽組織了一支精銳的追擊部隊，乘坐著小型但機動性極強的戰艦，踏上了清剿之路。他們在宇宙中四處搜尋神秘勢力的蹤跡，不放過任何一個可能的藏身之處。
在一次追擊中，林羽的部隊發現了一群神秘勢力的戰艦隱藏在一片小行星帶中。小行星帶的複雜環境為敵人提供了天然的掩護，但林羽並沒有退縮。“開啟探測雷達，小心前進。一旦發現敵人，立即發動攻擊。”林羽下達著命令。
當他們逐漸接近敵人時，神秘勢力也察覺到了危險。瞬間，能量光束在小行星帶中交錯縱橫，雙方展開了一場激烈的遭遇戰。林羽操控著戰艦靈活地躲避著敵人的攻擊，同時尋找著敵人的破綻。“集中火力攻擊那艘旗艦，先摧毀他們的指揮核心！”林羽喊道。
聯盟戰艦的火力集中射向神秘勢力的旗艦，但對方的防禦也十分頑強。旗艦周圍的護盾閃爍著光芒，抵擋著大部分的攻擊。就在雙方僵持不下時，林羽發現了小行星帶中的一顆巨大小行星，其軌道正好可以被利用。
“調整戰艦位置，將敵人的旗艦引向那顆小行星！”林羽心生一計。
聯盟戰艦開始有計劃地撤退，吸引著神秘勢力的旗艦追擊。當他們接近那顆小行星時，林羽突然下令戰艦轉向，同時發動了一輪猛烈的攻擊。神秘勢力的旗艦躲避不及，被小行星的引力吸引，撞向了小行星表面。巨大的爆炸照亮了整個小行星帶，其他神秘勢力的戰艦見勢不妙，紛紛逃竄。林羽率領部隊乘勝追擊，徹底消滅了這股殘餘力量。
隨著神秘勢力的威脅逐漸消除，宇宙聯盟開始將重心轉向內部的發展與整合。各個盟友文明之間的交流與合作變得更加頻繁，他們共同建立了科研合作機構、軍事訓練基地以及文化交流中心。
在科研合作機構中，來自不同文明的科學家們共同研究宇宙的奧秘。他們分享著各自的知識和技術，試圖解開更多關於宇宙能量、時空穿梭以及生命起源的謎題。“我們發現，透過結合阿爾法文明的能量控制技術和貝塔文明的量子解析理論，可以對宇宙中的暗能量進行更深入的研究。”一位科學家興奮地彙報著他們的研究成果。
軍事訓練基地裡，士兵們接受著聯合訓練。他們學習