這三天，揚州左近一片平靜，戰爭彷彿一夜之間遠離了淮揚大地。
若不是那些不時出沒的騎兵，以及一座座平地突地的高大墳堆、還有那陽光都融不化的血冰，很難讓人想象這裡不久前剛剛經歷了一場大戰。
得勝的太平軍在舔舐傷口，敗了的清軍同樣也在重整。
鰲拜領著敗兵撤回揚州後，順治召見了他，卻沒有暴怒命侍衛將鰲拜的頂戴拿下推出去砍了。主奴進行了一番長談，爾後鰲拜便奉旨收攏各處潰兵，趁著太平軍停留在三灣沒有北進的空檔，鰲拜陸續收拾了兩萬餘兵馬。皇帝的舅舅科爾沁親王吳克善也響應外甥的召喚，帶著所部返回了梅花山下的舊營。順治和舅舅談話時，沒有提及一句科爾沁兵北退的事，只是表達了對戰死的三舅舅索諾木的哀思之情。
經清點，此役清軍共陣亡（被俘、失蹤）37000餘人，其中滿州兵4200餘人，蒙八旗4100餘，內蒙及外蒙兵共7000餘，漢軍損失二十一個牛錄4700餘，綠營損失近兩萬人。除此以外，退回揚州的正白、鑲白兵只剩五個牛錄不到千人，據信有三千左右的兩白旗兵陣前倒戈降了太平軍。
鰲拜戰敗後，原守銅山一線的噶布喇害怕遭到太平軍前後夾擊，也倉皇率軍往揚州方向撤退。後與從戴家莊一線撤下來的貝勒常阿岱、蒙古郡王額森、雍貴、佟國維、剛阿泰等部會合在揚州西面的白羊山一帶，合有兵馬一萬三千有餘，內中滿蒙騎兵只不到四千。
噶布喇和常阿岱都害怕會被皇帝治罪，因此不敢馬上前往揚州。待揚州索尼訊息過來，說是皇帝連鰲拜都沒有治罪，常阿岱他們方才鬆了口氣，由常阿岱領頭往揚州發去奏疏。
銅山清軍退往白羊山後，太平軍第十五鎮和新三鎮餘部在鎮將齊豪和邵成國的指揮下東進三十餘里，與第五鎮殘兵會師。第十五鎮有兵2600餘，新三鎮有兵1900餘，第五鎮殘兵1300餘，三鎮兵力相加竟不足一鎮。但三鎮卻以巨大的傷亡重創了兩萬餘清軍，僅在戴家莊，第五鎮就斬殺清軍五千有餘；銅山一線，清軍傷亡也達到了三千多。
鑑於於世忠戰死，三鎮兵又都殘缺，已經無法再獨自承擔進攻任務，周士相便命第五鎮殘部暫歸齊豪指揮，三鎮進駐戴家莊，將俘虜的大量漢軍和綠營兵補充三鎮。待俘虜補充到位後，三鎮優先返回瓜洲，渡江休整。
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順治的心情很是不好，三灣大敗的第二天，北京就來了急遞，說是董貴妃的病情越來越嚴重，這讓順治癒發煩燥，既擔心北京的愛妃，又擔心眼前這大敗的爛攤子。
揚州城內有一種意見，認為皇帝已經沒有必要再留在揚州，大軍當即日北返，揚州就丟給太平軍好了。
首議撤軍的是漕督蔡士英，蔡家是漢軍八大家之一，所以他的話得到了不少官員贊同，尤其是漢軍出身的將領們。滿蒙官員們也有很多人傾向撤軍，這場大戰就好比當年的松錦大戰，不過獲勝的明軍而矣。在這些滿蒙將領看來，太平軍能夠取得這場大戰勝利的原因一是他們有運河水道之便，二是武器太過厲害。揚州左近又實在不適宜大兵團騎兵作戰，本身又在十多年前被屠城過，單從丁口錢糧上說，揚州府已算是下府，因此就是塊雞肋，食之無味，不如就此放棄，大軍立即退往北方。
大學士巴哈納認同撤軍意見，指出大軍一旦北返，太平軍固然能夠取得揚州城，但卻也無法向北進取。他提議皇帝須馬上回京，但可在徐州和南陽等地留駐精兵，這樣以步兵為主的太平軍勢難威脅到山東和河南。等朝廷喘過這口氣，再和太平寇決一雌雄也不遲。
順治召開了御前行營會議，隨軍的議政大臣和督撫官員盡數參會。
“皇上，臣以為揚州已不可守，御駕當行北返，