人人平等的思想十分貼合於這些被殘暴壓榨的農民，讓他們在痛苦的現實當中找到了一些精神慰藉。在傳教士的引導下，他們很快就投入到了天主教的懷抱，九州出現了大量天主教民
而且，在殘暴的壓榨當中，廣大平民衣食無著，而且反抗情緒也日積月累，在這種情況下，天主教既能夠提供一種讓他們聯接起來的工具，也能夠給他們提供另一種身份認同，讓他們不覺得自己比領主的地位卑下。
在這樣的情況下，天主教民在日本列島四處發展，甚至蔓延到了上層，很快引發了日本最高統治者的警惕，決定限制天主教的傳播，同時壓服這些心懷不滿的平民百姓。
豐臣秀吉下達了禁教令，而繼承了豐臣秀吉事業的德川家康也幾次頒佈教令，宣佈要清洗天主教徒，在幕府的高壓下，大量天主教徒被迫改宗，少部分不願意改宗的平民就要被殺死。
同時，戰國時代的嚴厲壓迫和苛捐雜稅還是沒有因為和平年代的到來而停歇。雖然在幕府的命令下，各藩的軍事力量都被嚴重縮減了，但是無論是日野江藩還是福岡藩、抑或是九州其他地方的藩國，當年的稅收一無所減，有些領主甚至還刻意地給農民在苛捐雜稅之外再加了一些捐稅，理由是“芝麻和農民都是越榨越有油。”
首先爆發天主教民的正是島原藩，這裡來自於信仰和剝削的壓迫尤為嚴重。日野江藩之前的藩主是有馬直純，有馬直純從小在德川家康身邊長大，又娶了德川家康曾孫女為妻，所以深得幕府信任。
在父親死後，有馬直純繼承了其父去當島原領主。受寵若驚、感激涕零的有馬直純，雖然曾經受過洗禮也是個天主教徒，但為報答德川家康厚愛，他早已經毅然退教，而且發誓要秉承幕府將軍的聖意，將天主、基督在藩內斬草除根。有馬直純一來到藩內就大開殺戒，將不願棄教者活活燒死，並叫其他教徒現場觀看。
後來，有馬直純因為得到了幕府的歡心，被轉封到了日向國的延岡藩（也正是島津家向北進兵時第一個滅掉的藩，他也在島津家的兵鋒下被殺死），而他的部下的藩臣和武士，差不多全數都留在本藩，只有極少數人隨從前去。
而這時，到了日野江藩來上任的新領主是松倉重政，他之前是大和國五條藩的藩主，是因為在幕府攻打大阪的戰事當中立了功，所以被從一萬石的領地轉封到了這裡。
他也是一個對領民十分殘暴的領主，到此了藩內就藩之後，他不滿藩城簡陋，於是大興土木要錢要工來修建新的藩城島原城。
於是，島原城附近的藩民們就受到了更加難以忍受的雙重苦難——不準信仰天主教，還要無休止地出錢出工。不願棄教者不僅遭到湯澆、火燒、投入大海，而且，還被丟進雲仙溫泉硫磺火山口活活燻死。不僅如此，為了維持藩內的財政，松倉重政制定租稅也極其苛刻，農民種一棵菸草，收穫菸葉的一半要上繳；其他種植的農作物也要被大部分徵收，變成領主的財產。
另外，在來到這裡赴任的時候，他還帶來了近於全部的他的原有部屬。這些親附於藩主的藩臣們，馬上就佔據了藩內所有的職位。
而舊領主有馬直純的部屬們，也就失去了原本的俸祿，並且被排除出了統治階級之外。他們迫於生活，只能靠種田養活自己的妻子兒女，變成了藩內的農民。不過這些人雖則名為農民，實際上卻是熟習武藝的戰士，也成為了危險的種子。
在藩內藩民的辛苦血淚當中，新的藩城島原城總算建好了，從那時候起日野江藩就該名稱為了島原藩。
可是在松倉重政死後，他的兒子、繼承了藩主之位的松倉勝家並不以此為滿足，他和父親一樣殘暴不仁，對這些新農民和其餘的農民，一再加重賦稅，逼迫農民繳出他們所不可能負擔的高額貢�