朱儁又煞有其事地說：「這可是董相國告訴我的，否則，我怎能知道？」使者沒辦法，只好回去復命。此事於是作罷。
公元191年（初平二年），董卓進入關中後，留朱儁守洛陽，朱儁便和山東諸將通謀，想作內應。
後來，朱儁害怕董卓襲擊自己，棄官逃往荊州。董卓任命弘農人楊懿為河南尹，駐守洛陽。
朱儁聞訊，率兵還洛陽，楊懿退走。朱儁見河南殘破，無法作為屏障依靠，於是引軍向東面，屯駐在中牟縣。並傳信給各個州郡，召請部隊討伐董卓。
徐州刺史陶謙派來精兵三千。其他州郡也派了一些兵來，陶謙便上表奏任朱儁代理車騎將軍。
董卓聞知後，讓他的將領李傕、郭汜率領數萬人屯駐河內抵擋朱儁。朱儁出擊，被擊敗。朱儁自知眾寡不敵，於是停留關下，不再前進。
公元193年（初平三年），李傕、郭汜掌權。朱儁當時還在中牟，陶謙認為朱儁是名臣宿將，屢立戰功，可以委以大任，於是和諸豪傑共同推舉他為太師，並傳檄給各州牧伯，相邀一同討伐李傕，奉迎天子。
正好李傕聽從太尉周忠、尚書賈詡的計策，派人用天子詔書徵召朱儁入朝。兩條道路，擺在面前，何去何從，亟待選擇。
軍吏將士都不願入關，想與陶謙等聯合。朱儁卻不慌不忙，說出了一番道理。他說：「用天子的命令召臣子，應當不等徵召就要去，何況是天子的詔命呢？而且李傕、郭汜是奸亂小人，樊稠是平庸無用的人，沒有別的什麼遠大的謀略，又勢力相等，變亂必定發生。我乘他們的不備，突然行動，那大事就可以成功了。」
當下辭謝陶謙等人，奉詔入京任太僕。陶謙也只好作罷。
同年，朱儁接替周忠為太尉，錄尚書事。
公元194年（興平元年）秋，朱儁因日食而免職，又奉命代理驃騎將軍職務，持節鎮撫關東，但未出行。
公元195年（興平二年）二月，李傕殺死樊稠，郭汜自疑，又與李傕相互攻殺，長安大亂。
朱儁留京沒有出行，任大司農。李傕劫持獻帝到自己的營中，獻帝命朱儁和太尉楊彪等十多人去說服郭汜，讓他與李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、楊彪等為人質。朱儁的性格剛猛，當日便過於憤怒發病而死。
朱儁鎮壓黃巾，手段過於血腥。但他不附董卓，明顯其節，諷刺遷都，曲表其憤，欲乘傕、汜，更見其深謀遠慮。對此，則應一分為二地給予評價。
範曄《後漢書》曾經評價道：「皇甫嵩、朱儁並以上。將之略，受脤倉卒之時。及其功成師克，威聲滿天下。值弱主蒙塵，獷賊放命，斯誠葉公投袂之幾，翟義鞠旅之日，故梁衍獻規，山東連盟，而舍格天之大業，蹈匹夫之小諒，卒狼狽虎口。為智士笑。豈天之長斯亂也？何智勇之不終乎！前史晉平原華嶠，稱其父光祿大夫表，每言其祖魏太尉歆稱『時人說皇甫嵩之不伐，汝豫之戰，歸功朱儁，張角之捷，本之於盧植，收名斂策，而己不有焉。蓋功名者，世之所甚重也。誠能不爭天下之所甚重，則怨禍不深矣』。如皇甫公之赴履危亂，而能終以歸全者，其致不亦貴乎！故顏子願不伐善為先，斯亦行身之要與！」「黃妖沖發，嵩乃奮鉞。孰是振旅，不居不伐。俊捷陳、潁，亦弭於越。」
同韓馥一家人吃完午飯，李忠便告辭了，帶著近五萬幽州虎豹鐵騎朝南而去。
而韓靈兒吃完飯就一個人回到閨房去了，弄得周氏韓馥有點摸不著頭腦。
「漢升，公明他們什麼時候到？」，李忠問道。
「主公，今天下午公明將軍就可以同咱們匯合了」，黃忠說道。
李忠點點頭，說道：「好吧，咱們走吧，到前面去等他們」。
隨即近五萬