村走走，避避風頭。做做任務，還奈良家錢。若是有機會，撞撞輪迴眼的運氣也好。
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第一章 和平下的陰影
木葉43年。
天色暗了，有旭日將之點亮。可若是人心暗了，該由什麼去引導？
木葉的某處基地中，二十年間，愈加趨向於黑暗，喪失人性。根之忍者，沒有名字，沒有感情。只知服從命令，宛若喪屍走肉一般，純機器屬性，可憐而又可恨！
距離第二次忍戰，已有四五年。在整個忍者都趨向於和平時，有一個人在此期間，行走於黑暗之中，行那黑暗冷血與不可告人之事之人——
志村團藏！
三代目猿飛日斬年輕時候的同伴與友人，彼此有著很深的羈絆。用現代的言語來形容的話，兩人基情四溢，情到深處，你儂我儂。志村團藏在競爭火影之位失敗後，藉助著猿飛日斬的愧疚心理，懷著對木葉火影之位的野心組建了根之暗部。
任何組織初建之時，總是不那麼順利。志村團藏的“根”組織，歷程很艱辛來的。有了火影暗部的珠玉在前，村子裡誰還進入籍籍無名的“根”部？
於是，優秀的忍者都紛紛以進入暗部為榮。“根”部所能吸納的，只有忍者天賦低下的一群人。且年紀大了，性格方面所能改變的甚少，所以根組織第一代人是失敗的。不止如此，在未來的二十餘年中，經歷了十餘代人，新舊替換，仍舊是失敗的。
在這個漫長的歲月中，志村團藏終於總結出了一套屬於並適合自己的真理——
隱藏、蟄伏、唾棄、鮮血、罪孽、人性……
木葉，延展向溫暖的陽光之處；樹根，深入黑暗的泥土之中。火影之位既然已經遙遙不可及了，那麼便當一個隱藏於黑暗與幕後之人。扼殺一切影響木葉和平之人，對於木葉有威脅之人。哪怕成為雙手沾滿鮮血的、被人憎惡的屠夫，亦在所不惜！
至根組織的建立，到如今二十餘年，團藏的心一直在變化著，搖擺著。一直徘徊於木葉的利益至上，還是木葉火影那遙不可及的掌控者的身份……
在志村團藏快要放棄之時，第二次忍戰結束讓他看到了希望。艱難生活在忍界的那些流離失所的孤兒們，那些在戰爭中犧牲的優秀忍者所留下的遺孤，擁有可怕天賦卻得不到有心人引導，尚未成熟卻值得改造的孩子們——
木葉的未來？
志村團藏的希望！
歲月不可複製，年紀愈見老邁。當上火影，猿飛日斬已經逐漸忘了忍者間的戰鬥，沉溺於所謂的木葉最強、忍界之雄的封號之中，不可自拔，固步自封……與志村團藏同屬於一輩人，彼此又是一直以來的競爭者，誰又強誰多少？誰有輸誰多少？
一個力爭上游，繼續衝刺著忍道之路，艱難的努力與進步。一個“荒廢”忍學，在安逸的生活中逐漸喪失了爭強好鬥之心。
忍者，如逆水行舟，不進則退！
……
木葉有長老團，在木葉中有著舉足輕重的地位。而木葉的長老團顧問，則是長老團的代表，在一定程度上，能夠影響木葉火影的決策！
木葉顧問——轉寢小春、水戶門炎。
長老團中的長老，要麼是木葉的老一輩強者，要麼是木葉某些家族的族長或族內地位極高的一群人。水戶門炎與轉寢小春領銜著這一群人，完全可以稱得上火影目猿飛日斬之下的第一權勢之人，比志村團藏的根組織要強。
但事實上，並不是。
秘密，它之所以是秘密。並不是它無人所知，而是知道的人甚少。但，終究會有人知道，在這個世界上，沒有不透風的牆。
當初水戶門炎與轉寢小春是如何年紀輕