在又一次成功擊敗使徒後，大雄、哆啦A夢、胖虎和靜香操控著EVA機體返回了NERV總部。
一路上，大家都沉浸在勝利的喜悅中，但同時也深知每一次與使徒的戰鬥都讓他們更加明白這個世界的危險與複雜。
回到總部，科研人員們立刻忙碌起來，對鯨魚使徒的殘骸進行全面細緻的研究。
大雄他們則拖著疲憊的身軀走向休息區，準備稍作休息後繼續投入訓練。
胖虎一屁股坐在椅子上，大大咧咧地說：“哈哈，這次又打贏了，我就說嘛，那些使徒再厲害也不是我們的對手！”
靜香白了他一眼，無奈地說：“胖虎，你可別太得意了，每次戰鬥都那麼驚險，我們能贏也是靠大家齊心協力，而且使徒每次出現都有新花樣，誰知道下一次會遇到什麼樣的難題呢。”
大雄也點頭贊同靜香的話，說道：“是啊，靜香說得對，我們不能掉以輕心。這次鯨魚使徒利用海水攻擊的方式就很棘手，還好我們想出了應對的辦法。”
哆啦A夢從四次元口袋裡掏出一些恢復能量的小零食，分給大家，說：“大家先吃點這個補充下能量吧，接下來的訓練還得加油呢。經過這次戰鬥，我們又積累了不少經驗，希望下次遇到使徒能更從容應對。”
眾人接過零食，邊吃邊聊起了這次戰鬥的細節，互相分享著自己在戰鬥中的發現和感受。
然而，就在他們休息沒多久，總部內突然響起了一陣急促的警報聲。眾人心中一驚，立刻停下手中的動作，朝著指揮室跑去。
一進指揮室，就看到大螢幕上顯示出城市中心的一片繁華商業區出現了強烈的能量波動，而且這次的能量波動呈現出一種極為紊亂的狀態，彷彿有多個強大的力量在相互衝突。
碇司令面色凝重，大聲說：“駕駛員們，準備出擊！這次的情況前所未有的複雜，從能量波動來看，可能不止一個使徒出現，大家一定要小心謹慎！”
大雄、哆啦A夢、胖虎和靜香對視一眼，他們從彼此的眼中看到了擔憂，但同時也有著堅定的決心。
“好的，司令，我們馬上出發！”大雄堅定地說道。
眾人迅速進入各自的EVA機體，啟動後朝著能量波動的區域飛去。
當他們趕到現場時，眼前的景象讓他們大為震驚。只見商業區的高樓大廈之間，多個巨大的身影在肆虐著。有一個形似巨大螃蟹的使徒，正用它那巨大的鉗子不斷地夾斷高樓的支撐柱，導致高樓搖搖欲墜；還有一個如同巨大飛鳥的使徒，在空中盤旋著，時不時地俯衝向地面，用它尖銳的爪子撕裂著街道和建築；另外，還有一個類似巨大蟒蛇的使徒，在街道上蜿蜒爬行，所到之處一片狼藉。
“哇，這次怎麼這麼多使徒啊！”大雄透過通訊器驚恐地喊道。
哆啦A夢一邊用探測器掃描著周圍的情況，一邊嚴肅地說：“情況不妙啊，大家先別慌，我們得先觀察一下它們的行動規律，看看能不能找到各個使徒的弱點，然後再製定作戰計劃。”
胖虎握緊了拳頭，大聲說：“哼，管它多少個使徒，一起上就是了，我就不信打不過它們！”
靜香焦急地說：“胖虎，你別衝動呀，這麼多使徒一起上，我們得小心應對，不能盲目攻擊。”
就在這時，真嗣、明日香和渚薰等正式駕駛員也駕駛著EVA機體趕到了現場。
真嗣透過通訊器說：“大家先別急，我們先集合一下，商量個作戰方案。這麼多使徒，我們必須分工合作才能有勝算。”
眾人紛紛響應，駕駛著EVA機體聚集到了一起。
經過一番簡短的討論，他們決定分成三組。大雄、哆啦A夢和胖虎為一組，負責對付那隻巨大螃蟹使徒；真嗣、明日