“大家小心，這裡有古怪。”哆啦A夢提醒道。
突然，從能量漩渦中射出幾道光線，光線擊中了周圍的建築物，建築物開始出現崩塌的跡象。
“我們得先把能量漩渦穩定住，不然城市會遭受更大的破壞。”真嗣說道。
他們嘗試用EVA機體的能量系統來中和能量漩渦的能量，但效果甚微。
“這樣不行，我們得找到能量漩渦的核心。”渚薰說道。
經過一番搜尋，他們發現能量漩渦的核心是一個小型的裝置，這個裝置被一層強大的能量護盾保護著。
“我們要打破這個護盾才能破壞核心。”胖虎說道。
“大家一起攻擊，集中力量！”大雄喊道。
眾人齊心協力，朝著能量護盾發動攻擊，在連續的攻擊下，護盾開始出現裂痕。
“再加把勁！”靜香喊道。
最終，護盾被打破，他們成功摧毀了能量漩渦的核心，周圍的干擾訊號也隨之消失。
“我們成功了！”胖虎高興地歡呼。
“別高興得太早，還有其他的能量漩渦呢。”哆啦A夢提醒道。
他們繼續前往其他能量漩渦地點，重複著之前的操作。在這個過程中，他們發現這些能量漩渦似乎是按照某種特定的規律分佈的，像是在構建一個巨大的能量網路。
“這些能量漩渦可能是一個更大陰謀的一部分，我們得儘快搞清楚。”大雄說道。
當他們解決完所有的能量漩渦後，回到總部，卻發現之前被關押的神秘身影已經消失不見，只留下了一些奇怪的符號在審訊室的牆壁上。
“這是怎麼回事？他們怎麼逃走的？”胖虎氣憤地說。
“這些符號是什麼意思？”靜香看著牆壁上的符號問道。
哆啦A夢仔細觀察著符號，然後從四次元口袋裡拿出一個符號解讀器。經過分析，解讀器顯示這些符號是一種古老的密碼，和之前加密檔案中的部分內容相似。
“看來這些神秘身影是想給我們傳遞某種資訊，或者是在嘲笑我們。”哆啦A夢說道。
“不管是哪種情況，我們不能被他們牽著鼻子走，我們要加快破解加密檔案的進度，找出他們背後的秘密。”大雄堅定地說。
在大家努力破解加密檔案的同時，大雄又一次嘗試和EVA機體進行深度融合，希望能從之前看到的模糊畫面中找到更多線索。在融合過程中，那些畫面變得更加清晰，他看到了那個巨大實驗室裡有一些穿著白大褂的人在操作著儀器，還有一些巨大的容器，容器裡似乎裝著和使徒類似的生物。
融合結束後，大雄立刻把他看到的情況告訴了大家。
“這聽起來像是一個實驗基地，難道使徒是從那裡製造出來的？”胖虎驚訝地說。
“有這種可能，而且那些神秘身影可能也和這個實驗基地有關。”哆啦A夢說道。
“我們得找到這個實驗室的位置，也許那裡有我們想要的答案。”靜香說道。
他們把這個新發現告訴了碇司令，碇司令決定派出偵查小隊，利用大雄提供的畫面資訊在城市周邊進行搜尋。
在搜尋過程中，他們發現了一些廢棄的地下通道，這些通道的結構和大雄看到的實驗室周圍環境有些相似。
“這裡可能有線索，我們進去看看。”偵查小隊隊長說道。
他們小心翼翼地沿著地下通道前進，通道里瀰漫著一股神秘的氣息，牆壁上有一些奇怪的標記，和之前神秘身影留下的符號有幾分相似。
“大家小心，這裡可能有危險。”隊長提醒道。
突然，前方傳來一陣低沉的咆哮聲，彷彿有什麼巨大的生物在靠近。