在樹形使徒倒下後，大雄他們帶著疲憊與沉思返回了 NERV 總部。這次戰鬥的衝擊，讓每個人的內心都久久不能平靜。
在總部的走廊上，大雄碰到了碇司令。
碇司令看著他，眼神深邃地說：“大雄，這次的戰鬥很不尋常，你們面對的是一種全新形式的使徒。我們必須儘快搞清楚它背後的原理，這對我們未來的戰略至關重要。”
大雄堅定地點點頭：“司令，我知道了。我們會和科研人員一起努力的。”
科研室內，氣氛緊張而忙碌。科研人員們正在對從戰鬥現場收集的資料和樣本進行分析，大家圍在各種儀器前，眉頭緊鎖。
一位科研人員著急地說：“這個樹形使徒太奇怪了，它對靈魂能量的運用方式完全超出了我們的理解範圍。”
哆啦 A 夢在一旁看著資料，說：“你們看，這些靈魂影像好像是被某種特殊的頻率吸引並控制的，而這個頻率似乎和使徒樹幹上的符文有密切關係。”
胖虎撓撓頭，滿臉疑惑地問：“那我們有沒有辦法阻止它這種控制靈魂的能力呢？這可太難搞了啊。”
科研人員搖搖頭，無奈地說：“目前還不清楚，但我們在研究過程中發現了一些奇怪的波動，這些波動和我們之前在其他使徒研究中發現的一些隱藏訊號有相似之處。”
靜香好奇地睜大眼睛，問：“隱藏訊號？是什麼樣的訊號呢？感覺好神秘啊。”
科研人員調出一些資料，指著螢幕解釋道：“這些隱藏訊號一直存在於使徒的能量體系中，但我們之前一直無法解讀。這次樹形使徒的出現，讓我們發現這些訊號可能和使徒之間的某種深層次聯絡有關，也許是一種通訊方式或者是控制指令，總之很複雜。”
就在大家討論得熱火朝天的時候，警報聲再次打破了平靜。眾人急忙趕到指揮室，大螢幕上顯示出城市上空出現了巨大的能量漩渦，漩渦中閃爍著奇異的光芒，彷彿有什麼東西要從中降臨。
碇司令面色凝重，大聲命令道：“駕駛員們，準備出擊！這次的情況可能更加複雜，從能量漩渦的特徵來看，很可能是一個極其強大的使徒，而且它的出現方式與以往不同，大家要小心！”
大雄、哆啦 A 夢、胖虎和靜香迅速進入各自的 EVA 機體，與其他駕駛員一同飛向能量漩渦。
當他們靠近能量漩渦時，一股強大的吸力撲面而來，試圖將他們的 EVA 機體捲入其中。
哆啦 A 夢急忙透過通訊器提醒：“大家小心，這股吸力很強！”
胖虎邊操控機體邊喊道：“哼，別想把我吸進去！我可不會這麼容易就被它搞定！”他操控著 EVA 機體加大動力，試圖抵抗吸力。
就在這時，一個巨大的身影從能量漩渦中緩緩浮現。這是一個形似巨大水晶球的使徒，水晶球內部有無數的光線在流動，彷彿是一個複雜的能量網路。使徒周圍環繞著一層透明的護盾，護盾上閃爍著神秘的符文，這些符文和之前樹形使徒樹幹上的符文有些相似。
大雄驚訝地說：“又是和靈魂有關的使徒嗎？這看起來比之前的還難對付啊！”
“不管它是什麼，我們先攻擊試試！”明日香說著，駕駛 EVA 機體朝著水晶球使徒發射了一道能量光束。然而，能量光束擊中護盾後，僅僅泛起了一絲漣漪，就消失不見了。
真嗣驚訝地喊道：“它的護盾好強！這可怎麼辦？”
渚薰冷靜地觀察著，緩緩說：“我們得找到護盾的弱點，盲目攻擊只是浪費能量，大家先別慌。”
哆啦 A 夢啟動了探測器的深度掃描模式，一邊操作一邊說：“我正在努力找呢，大家稍等。”過了一會兒，他興奮地說：“我發現了，護盾上的符