大幅萎縮，許多港口設施閒置荒廢，海上交通陷入了低谷。然而，官方的朝貢貿易仍在一定程度上維持著有限的海上往來，泉州港作為官方指定的朝貢港口之一，仍承擔著接待外國使團、進行官方貿易的任務，但規模和影響力已遠不如唐宋時期。
在陸地交通方面，明朝政府為了加強對地方的統治和管理，對閩南地區的道路進行了進一步的修繕和整治，道路的質量和通行能力有所提高。同時，隨著農業和手工業的發展，內陸地區與沿海地區的貿易往來依然存在，一些傳統的商業集鎮在交通要道沿線興起，成為了地區經濟交流的重要節點。
清朝時期，海禁政策在初期繼續延續，對閩南海上交通的抑制作用依然明顯。但隨著時間的推移，尤其是到了清朝中後期，海禁政策逐漸鬆弛，民間海上貿易開始復甦。廈門港逐漸取代泉州港成為閩南地區的主要對外貿易港口，海上交通再次活躍起來。大量閩南民眾出海謀生，形成了規模龐大的移民潮，他們前往東南亞等地，在當地建立了眾多的華人社群，進一步加強了閩南地區與海外的聯絡。這一時期，閩南地區的造船業也有了新的發展，適應了民間貿易和移民運輸的需求。
在陸地交通方面，清朝時期閩南地區的道路網路進一步完善，橋樑建設取得了顯著成就。許多石橋橫跨河流，連線起了不同的區域，方便了行人與車輛的通行。同時，隨著商業的發展，一些專業性的運輸組織如鏢局開始出現，為長途貨物運輸提供了安全保障，也反映出當時陸地交通在商業活動中的重要性日益凸顯。
近代以來：交通現代化的艱難起步與變革
近代以來，隨著西方列強的入侵和中國社會的變革，閩南交通開始了艱難的現代化轉型。鴉片戰爭後，廈門被迫開放為通商口岸，西方的輪船航運業開始進入閩南地區，衝擊了傳統的帆船運輸業。外國輪船公司在廈門設立碼頭、倉庫等設施，開闢了多條通往國內外港口的航線，使閩南地區的海上交通迅速融入了全球航運體系。雖然這一過程伴隨著中國主權的喪失和民族經濟的受壓，但客觀上也促進了閩南地區交通的現代化程序。
在陸地交通方面，近代鐵路和公路的建設逐漸興起。 1905 年，漳廈鐵路動工修建，這是閩南地區第一條鐵路，雖然這條鐵路建設過程曲折，且運營後由於各種原因未能充分發揮其效益，但它開啟了閩南地區鐵路交通的先河。公路建設方面，民國時期，閩南地區開始修建一些簡易的公路，連線主要城市和集鎮，但由於當時社會動盪不安、資金短缺等因素，公路建設進展緩慢，路況也較差。
除了傳統的海陸交通，航空運輸在近代閩南地區也開始萌芽。 20 世紀 30 年代，廈門機場建成並投入使用，開通了前往上海、廣州等地的航線，這標誌著閩南地區的交通進入了一個新的時代，空中交通的出現進一步縮短了閩南地區與國內外其他地區的時空距離，為人員往來、資訊傳遞和經濟交流提供了更加便捷高效的途徑。
新中國成立後：交通發展的全面騰飛
新中國成立後，閩南交通迎來了全面發展的新時期。在公路建設方面，政府大力投資修建和改造公路，提高公路的等級和通行能力。國道、省道貫穿閩南地區，連線起了各個城市和重要鄉鎮，形成了四通八達的公路網路。高速公路的建設更是使閩南地區的交通實現了質的飛躍，瀋海高速等高速公路的建成通車，大大縮短了閩南與長三角、珠三角等地區的行車時間，促進了區域間的經濟合作與交流。
鐵路交通也得到了極大的發展。鷹廈鐵路的建成通車，加強了閩南地區與內陸地區的聯絡，為閩南地區的資源開發和經濟建設提供了有力的支援。隨著時代的發展，福廈鐵路、廈深鐵路等高速鐵路相繼建成，閩南地區進入了高鐵時代。高鐵的快速