濟宮的旅遊開發過程中，也面臨著一些挑戰和問題。首先，旅遊開發對宮觀的文物保護和周邊環境造成了一定的壓力。隨著遊客數量的不斷增加，宮觀內的文物古蹟可能會受到磨損和破壞，周邊環境也可能會受到汙染和破壞。例如，一些遊客在參觀過程中可能會觸控、攀爬文物古蹟，導致文物古蹟受損；遊客的大量湧入也可能會導致垃圾增多、水質變差等問題。其次，旅遊服務質量還有待提高。雖然已經修建了一些旅遊配套設施，但在服務水平、管理規範等方面還存在一些不足之處。例如，遊客服務中心的服務不夠周到，餐飲住宿設施的衛生條件和服務質量有待提高，旅遊專案的管理不夠規範等。這些問題都影響了遊客的旅遊體驗，對青礁慈濟宮的旅遊形象造成了損害。
為了解決這些問題，需要採取一系列措施。在文物保護方面，要加強對遊客的宣傳教育，提高遊客的文物保護意識，引導遊客文明參觀。可以透過設定宣傳標識、發放宣傳資料、安排志願者講解等方式，讓遊客瞭解文物保護的重要性，自覺遵守文物保護規定。同時，要加強對宮觀文物古蹟的保護和管理，定期進行檢查和維護，確保文物古蹟的安全。在環境治理方面，要加強對宮觀周邊環境的整治，加大對垃圾處理、汙水處理等基礎設施的建設力度，加強對周邊山林的保護和管理，防止亂砍濫伐、亂採濫挖等現象的發生。在旅遊服務質量提升方面，要加強對旅遊從業人員的培訓，提高他們的專業素質和服務意識。可以透過舉辦培訓班、邀請專家講座等方式，對導遊、服務人員、管理人員等進行培訓，提高他們的業務水平和服務質量。同時，要加強對旅遊市場的監管，規範旅遊企業的經營行為，嚴厲打擊宰客、欺詐等違法違規行為，維護旅遊市場的良好秩序。
青礁慈濟宮，這座宮觀與山色輝映的聖地，承載著深厚的歷史文化底蘊，散發著獨特的宗教魅力，展現著迷人的自然風光。它是閩南地區文化的瑰寶，也是中華民族優秀傳統文化的重要組成部分。在未來的發展中，我們應當倍加珍惜這一寶貴的文化遺產，在保護好它的基礎上，合理開發利用其旅遊資源，讓更多的人能夠領略到青礁慈濟宮的獨特魅力，感受到宮觀與山色輝映的美妙意境，傳承和弘揚中華民族優秀的傳統文化。無論是虔誠的信眾前來朝拜祈福，還是遊客前來觀光遊覽，青礁慈濟宮都能給他們帶來一次難忘的心靈之旅，讓他們在這片神聖的土地上，尋找到內心的寧靜與慰藉，收穫對歷史文化和自然景觀的深刻感悟與美好記憶。